各地交通運輸、價格等部門要對“綠色通道”政策調整,對收費公路帶來的影響進行認真研究和評估。對于影響較大的經營性收費公路企業，要視情給予補償。 
　2009年12月22日，交通運輸部、國家發改委聯合發布了《關于進一步完善和落實鮮活農產品運輸綠色通道政策的通知》，對“綠色通道”政策的運輸網絡、鮮活農產品界定范圍、監管手段等事項作出了具體要求，并要求相關部門自元旦起執行。 
　　鼓勵構建區域性“綠色通道” 
　　通知說，對《全國高效率鮮活農產品流通“綠色通道”建設實施方案》中確定的國家“五縱二橫”鮮活農產品運輸“綠色通道”，各地要堅決落實各項相關政策，免收整車合法裝載運輸鮮活農產品車輛的車輛通行費。同時，各省、自治區、直轄市要按照中央一號文件精神，結合本地實際，加快構建區域性“綠色通道”，建立由國家和區域性“綠色通道”共同組成的、覆蓋全國的鮮活農產品運輸“綠色通道”網絡，并在全國范圍內對整車合法裝載運輸鮮活農產品的車輛免收車輛通行費。 
　　根據上述方案規定，享受“綠色通道”政策的鮮活農產品是指新鮮蔬菜、水果，鮮活水產品，活的畜禽，新鮮的肉、蛋、奶。為統一政策、便于操作，交通運輸部、國家發展改革委經商有關部門，對鮮活農產品具體品種進行了進一步界定，制定了《鮮活農產品品種目錄》。各地應嚴格按照《鮮活農產品品種目錄》，落實“綠色通道”車輛通行費減免政策。 
　　畜禽、水產品、瓜果、蔬菜、肉、蛋、奶等的深加工產品，以及花、草、苗木、糧食等不屬于鮮活農產品范圍，不適用“綠色通道”運輸政策。 
　　企業收入減少有望獲補償 
　　通知還制定了落實政策的相關配套措施，要求強化監管手段，嚴厲打擊“鉆空子”的非法車輛。 
　　通知明確了整車裝載的含義。整車裝載，是指享受“綠色通道”政策的車輛，裝載鮮活農產品應占車輛核定載質量或車廂容積的80％以上，且沒有與非鮮活農產品混裝等行為。未達到上述裝載標準，或與其他貨物混裝的運輸車輛，不享受“綠色通道”政策。 
　　通知還要求各地交通運輸主管部門要加強收費人員特別是新增“綠色通道”收費站人員的培訓，進一步提高一線收費人員對“綠色通道”政策的認知和執行能力。要積極探索研究快速鑒別鮮活農產品運輸車輛的方法，充分利用高科技手段，或者綜合利用配貨單以及農業等有關部門出具的農產品檢驗檢疫證,作為鮮活農產品運輸車輛的輔助查驗手段，盡量縮短鮮活農產品運輸車輛查驗和通過收費站的時間。同時要規范路面執法管理，保障鮮活農產品運輸車輛的通行安全。路面執法人員在執法中，對鮮活農產品運輸車輛輕微違法的，應以教育為主；對嚴重違法的，要嚴格依法處罰，努力為鮮活農產品運輸創造安全暢通的道路交通環境。 
　　通知說，要嚴厲打擊假冒鮮活農產品、超限超載運輸鮮活農產品等違法行為。對假冒、違法超限超載運輸鮮活農產品的車輛，以及有其他違法行為、拒絕通過指定車道或拒不接受查驗的鮮活農產品運輸車輛，可不給予“綠色通道”免收車輛通行費的優惠政策；對有故意堵塞收費道口等擾亂收費秩序行為的車輛，應按照《收費公路管理條例》等有關規定依法予以處罰。 
　　通知還特別提出，要就“綠色通道”政策對經營性收費公路企業的影響進行研究。各地交通運輸、價格等部門要對“綠色通道”政策調整對收費公路帶來的影響進行認真研究和評估。對于影響較大的經營性收費公路企業，視情給予補償。新批收費公路項目時，要充分考慮鮮活農產品運輸車輛的影響，合理確定其交通流量。