推進健康特色養殖模式。推廣生態、標準化養殖模式，引導農民成立專業合作組織，形成同安牛蛙、翔安紫菜與羅非魚、集美新洲紅魚、海滄對蝦苗種等具有區域布局優勢產品，提高產品競爭力和質量，促使漁業增效，漁民增收。　　二是繼續深化水產產業化發展。做強水產加工業，形成養殖、加工、貿易一體化經營格局；做活水產物流業，依托高崎閩臺中心漁港，加緊各配套設施建設，加快招商，推進水產物流大業主入住，使之成為全國水產品集散中心；做優水產種苗業，通過提升業務技術，改良選育品種，做好苗種檢疫等工作，提高苗種質量，鞏固對蝦育苗業全國領先地位。同時，認真開展對臺漁業的交流合作，抓好漁業合作項目的落實。 
　　三是發展都市休閑漁業。廈門市淡水養殖良種繁育綜合基地，擬建成以淡水養殖良種引進、推廣養殖，原良種選育、提純、復壯、保種為主，集漁業科研，引進示范，觀賞魚苗種培育，休閑垂釣以及對臺漁業交流等功能為一體的綜合性良種基地；閩臺中心漁港計劃借鑒臺灣淡水漁人碼頭的模式。擬與臺灣合資合作，共同來開發休閑漁業項目。
　　四是發展遠洋漁業。發展遠洋漁業符合我國產業政策，廈門市具備漁港港口條件，民間資本雄厚，可利用臺灣遠洋捕撈設施和技術，雙方進行合作。
　　五是建設對臺水產品加工基地。組織廈門市重點水產品加工和流通企業銀祥、源水、洋江、新陽洲等公司對臺招商，引進臺灣魚松、休閑食品等深加工技術，鼓勵臺商利用現有的加工場所和設備以及現有的交易渠道進行水產品加工和出口。