改革開放后特別是黨的十六大以來，廣西水運事業蓬勃發展，成為廣西水運建設投資最多、發展最快的時期。五年全區水運基礎設施建設共完成投資76.5億元，比上五年增長了247%，相當于1958年至2002年投資總和的1倍多。2004年，廣西開展了沿海基礎設施建設大會戰一期工程，2006年7月全面開工建設二期工程，這期間先后完成了欽州港3萬噸級進港航道、欽州港二期工程、防城港11、12號泊位、防城港20萬噸級碼頭等一大批重大項目，北部灣經濟區集疏運條件明顯改善。沿海港口向大型化、深水化、專業化發展的步伐加快，沿海港口碼頭建設戰略合作取得重大突破。 
　　2008年，全年累計完成水運建設投資31.8億元，同比增長27.9%，其中沿海港口累計完成投資26.6億元，是上年的1.86倍，創歷史最好水平。沿海港口和內河航運建設取得重大進展。防城港18～22號泊位、東灣10萬噸級航道一期工程等一批沿海基礎設施大會戰二期項目全面進入施工高峰期，防城港16、17號泊位等一批泊位相繼建成。內河水運桂平二線船閘主體工程、右江魚梁航運樞紐工程先后開工建設，貴港至梧州二級航道基本完工，那吉航運樞紐工程全面建成；長洲水利樞紐三四線船閘、西南水運出海北線通道（柳江黔江）航道整治一期工程等項目前期工作加快推進。全年新增港口泊位17個，其中新增萬噸級以上泊位5個、新增吞吐能力1542萬噸，萬噸級以上泊位達到40個，港口總吞吐能力達到1.31億噸，其中沿海港口吞吐能力突破8700萬噸，達到8766萬噸，內河港口吞吐能力突破4300萬噸，達到4355萬噸，在朝著建設沿海億噸大港和內河億噸“黃金水道”的目標上邁出了堅實步伐。到2008年底，全區港口泊位達到603個，其中萬噸級以上泊位達到40個，總吞吐能力突破1億噸，達到1.31億噸，沿海港口基本形成防城、北海、欽州三大港口為主的環北部灣港口群，這些港口與高等級公路和路網建設，以及西江干線建設和南昆鐵路的開通，構成了水陸交通運輸體系，基本形成了西南物資從廣西出海的大通道。廣西作為中國通往東盟最便捷的國際大通道的區位優勢和地緣優勢不斷得以提升。 
　　全區內河航道整治和航電發展取得了良好成效。到2008年底，全區通航里程5591公里，其中等級航道達到3506公里。黨的十六屆三中全會提出的科學發展觀和“五個統籌”的要求，為廣西開發利用和保護航運資源指明了方向。廣西積極推行“航電結合、以電促航、滾動發展”的發展模式，在廣西內河航道干線上攔河筑壩、渠化航道、發電，將發電收入用于發展航運事業，實現經濟循環，努力打造資源節約型、環境友好型水運行業，在全國起到了典范作用。十六大以來，按照國家“兩橫一縱兩網”航運干線規劃，結合廣西經濟發展實際，陸續完成了國家重點建設項目--西江航運干線的部分建設項目、紅水河樂灘至石龍三江口航道、柳黔江重點灘險航道整治工程、長洲水利樞紐1、2號船閘工程、防城港15萬噸級航道、欽州港10萬噸級航道、北海石步嶺港區5萬噸級航道等一大批重點水運項目，極大地改變了廣西內河水運面貌，對沿江工業產業的布局以及流域經濟的發展起到重要的推動作用。 
　　當前，中國已進入內河航運發展的黃金時代。西江是西南出海重要水路通道，是連接珠三角經濟圈與北部灣經濟區的水上運輸大動脈，徑流量在全國內河僅次于長江，極具開發優勢。打造西江億噸黃金水道是實現可持續發展的必然選擇。西江的開發利用，是節約資源和保護環境的需要，是推進工業化城市化進程的需要，是促進區域經濟協調發展的需要。西江流域涉及廣西80％的面積，西江億噸黃金水道的建成，將使廣西有一半地級市擁有千噸級“水上高速公路”通江達海，形成獨有的沿江兩岸經濟帶，帶動廣西西部、中部、東部協調發展。 
　　廣西的內河航運建設正在如火如荼地進行，內河水運桂平二線船閘主體工程、右江魚梁航運樞紐工程先后開工建設，貴港至梧州二級航道基本完工，那吉航運樞紐工程全面建成；長洲水利樞紐三四線船閘、西南水運出海北線通道（柳江黔江）航道整治一期工程等項目前期工作加快推進。內河港口吞吐能力突破4300萬噸，達到4355萬噸，正在向內河億噸“黃金水道”的目標邁進。 
　　2009年廣西全面啟動西江億噸級“黃金水道”建設，計劃開工長洲水利樞紐三線、四線船閘和老口航運樞紐工程等一批內河水運項目；加快推進沿海億噸港口群建設，年底新增沿海萬噸級以上泊位9個，沿海港口吞吐能力有望提前一年實現億噸目標。