五是水運建設實現長足發展，水運聚集輻射能力顯著增強。改革開放初期，重慶市的內河航運基礎薄弱，全市內河航道通航里程444公里，其中能通機動船的只有177公里，水運總體水平較低，重慶港年貨物吞吐量僅為369.8萬噸。改革開放特別是直轄以來，重慶水路交通日益受到重視，建設投入成倍增長。三峽工程建設為重慶水運發展創造了重要發展機遇。重點推進了嘉陵江草街、利澤航電樞紐工程和烏江彭水、銀盤航電樞紐工程建設。截至2008年底，全市內河航道通航里程達到4337公里，比1978年增長9.0倍；港口建設方面，28個庫區淹沒復建碼頭項目先后建成并投入使用，完成了寸灘集裝箱碼頭一期、郭家沱重載汽車滾裝碼頭、萬州紅溪溝散貨碼頭、奉節寶塔坪和巫山龍門旅游碼頭等一批大型化、專業化、機械化的碼頭建設。截至2008年底，全市港口貨物吞吐能力達到11186萬噸，集裝箱通過能力達到96萬標箱，已基本形成以主城、涪陵、萬州三個樞紐港區和江津、永川、合川、奉節、武隆五個重點港區為龍頭的港口體系，擁有各類生產性碼頭泊位870個，碼頭岸線長度72522米。 
　　重慶內河航運的競爭力明顯提升。 
　　2008年，重慶全市水運貨運量由1978年的4816萬噸增長到6961萬噸；完成貨物周轉量總計1291.1億噸公里，比1978年的119.0億噸增長10.8倍，年平均增長12.6%；港口貨物吞吐量7892萬噸，比1978年的369.8萬噸增長21.3倍，年平均增長16.5%。客運量總計87450萬人次，比1978年的5294萬人次增長16.5倍，年平均增長15.1%；水運貨運平均運距已達1268.9公里, 成為綜合運輸體系中平均運距最長的運輸方式，全市90%以上的外貿物資是通過水路運輸完成的，水路貨運周轉量占重慶全社會總量占到68.41%，位居綜合運輸體系第一位。同時，水運旅客周轉量總計10.6億人公里，比1978年的2.3億人公里增長4.6倍，年平均增長7.9%。 
　　五是航道整治工程。改革開放特別是直轄以來，重慶航道條件不斷改善，2003年三峽成庫至庫區蓄水156米，重慶新增航道54條，新增通航里程225公里，全市航道總數達到190條，通航總里程達4337公里，成庫后改善航道里程854.3公里，形成深水航道72條1079.65公里，長江干線涪陵李渡至大壩成為常年深水庫區航道，3000噸級船舶暢行其間。大寧河、小江、烏江等支流航道變寬變深，船舶通行能力增大。庫區實行定線制，船舶分邊通行，航行秩序更加規范，大大降低了事故發生率。 
　　水路交通。到2012年基本建成長江上游航運中心，使四級及以上航道里程達1400公里，高等級航道比重達26%，長江干線航段可通行3000噸級船舶和萬噸級船隊。港口貨物吞吐能力達1.4億噸，集裝箱達220萬標箱，船舶運力達550萬載重噸，主要水上運量指標在2006年基礎上翻一番。到2020年，形成便捷、高效的內河航道體系、完善的支持保障系統、現代化的重點樞紐港區，形成以水運為載體，以腹地為支撐，充分依托鐵路骨架、高速公路網和機場的強大輻射作用，通過各種運輸方式之間的有機銜接，利用長江、嘉陵江、烏江“一干兩支”國家高等級航道的巨大通行能力，以高密度的集裝箱班輪產生的聚集效應和優越的航運、金融、貿易、信息、口岸等服務，帶動臨港經濟發展，使重慶港形成對周邊地區的產業聚集優勢，將重慶建成長江上游輻射西部地區最大的集裝箱集并港、大宗散貨中轉港、旅游客運集散中心、汽車滾裝運輸主通道、船舶生產基地和交易中心、航運信息中心和人才高地，全面建成長江上游航運中心。