口岸是國家的門戶，口岸功能的強弱和運行效率的高低，對一個國家和地區的經濟發展以及社會繁榮至關重要。
    為提高口岸工作效率、規范口岸管理，國務院曾于1996年前后在深圳進行口岸管理體制改革試點。1998年政府機構改革時，國務院決定由海關總署承擔口岸規劃、審理等職能。2001年，朱镕基總理在中央經濟工作會議上第一次明確提出建立 “大通關”制度的要求： “實行 ‘大通關’制度，提高通關效”。同年，國務院辦公廳下發了 《關于進一步提高口岸工作效率的通知》，批準由海關總署牽頭，公安部、外經貿部、鐵道部、交通部、質檢總局、民航總局等7部門參加的口岸工作聯絡協調機制。2002年5月，經國務院批準，在上海召開了 “提高口岸工作效率現場會”，吳儀同志出席會議并作重要講話，充分肯定了各地區、各部門為全面提高口岸整體工作效率作出的積極探索和取得的經驗，明確要求各地政府要加強對“大通關”工作的統一領導，并確定對全國開放口岸實行分類管理，重點建設和發展8大海港（大連、天津、青島、上海、寧波、廈門、黃埔、深圳）、3大空港（北京、上海、廣州）和2大鐵路（深圳、滿洲里）口岸，全面推行“大通關”制度。2002年6月，朱镕基總理等國務院領導同志在視察海關總署時進一步明確了“大通關”制度的內涵，明確要求“政府牽頭協調、統一信息平臺、手續前推后移、加快實貨驗放”。
    建立“大通關”制度的主要目的，是適應我國對外開放新形勢的需要，應對入世和經濟全球化的挑戰，統一各方認識，協調各方步調，共同提高口岸工作效率，改善投資環境，為吸引外資、擴大出口、加快發展開放型經濟服務。