目前，福州市農產品標準化生產基地有許多家，但是這些生產基地的農產品生產和管理還是處于傳統農業生產和管理的運作方式，缺少系統的農產品質量監督管理手段，很難實現對農產品物流的精確跟蹤和管理。福州市農產品出口每年都有因為農產品質量檢測超標被退貨甚至賠償的案例，而針對此類問題的發生，始終缺乏系統的解決方案來避免或者有效追查相關物流環節出現的問題。例如：在涉及農產品投訴問題時可按產品唯一編號確認產品產地和流通渠道，從而實現農產品倒序追查，以辨別生產或銷售過程中究竟是哪一環節出現了問題。因此建議：盡快建立福州市農產品物流全程監控與可追溯系統。 
    建立福州市農產品物流全程監控與可追溯系統，將為農產品的生產者、消費者以及農產品監管部門提供一個科學的管理手段和工具，這也是農業發達國家普遍采用的辦法之一。相關科研部門盡快組織立項，啟動福州市農產品物流全程監控與可追溯系統的建設工作，系統建成后可以在農業等相關職能部門的協助下推廣使用，農民合作組織、農產品協會、農產品物流中心、農產品監督管理部門都是該系統的用戶。該系統數據的積累還能夠為農業災害的預警與監控提供支持，是實現高效、優質農業健康發展不可缺少的重要工具之一。
    政府應該實施農產品物流中心或者農產品經銷公司的資質認證，要求從事農產品物流企業自身承擔保證經營農產品安全無害的義務，如出現問題，取消其經營資質，并按照有關法律追究其責任。建立農產品物流信譽保障體系，實行對農產品供應人、承銷人和零售商的備案、不良記錄通報制度和農產品安全責任連帶制度。提升福州市農產品物流的質量與效率，需要多方面的努力和作用，作為科技部門需要針對農產品物流的各個關鍵環節明確目標，針對農產品生產、流通環節的實際問題，加大科技投入的力度，研發先進的技術和產品，為解決三農問題服務。作為其他一些具有明確政府監督或者法制職能的部門則需要明確制定相關的規范，來保證農產品物流的綠色和安全