2008年10月3日15：30時，秋雨霏霏，三峽壩上水位接近154米。在蒙朧雨霧中，“世紀之星”、“維多利亞5號”、“長航江浩”等6艘船舶駛進三峽北線船閘，六閘首人字門徐徐關閉，五級運行方式正式撩開了帷幕，284名游客成為三峽船閘正式五級運行的首批體驗者，于18：58分安全駛離北線一閘室奔向上游庫區；按計劃安排南線船閘也于18：50時關閉一閘首人字門。至此，兩線船閘一閘室全部安全投入運行，宣告了長江三峽雙線五級船閘全面投入運行，四級運行正式轉入五級。此種運行方式轉變對過閘船舶和旅客來說，只是多享受一個閘室水位的變化過程，其他的變化不大。 
    10月3日15：30時，微雨輕揚中，“世紀之星”、“維多利亞5號”、“長航江浩”等6艘上行船舶駛進三峽北線船閘，漂亮的旅游船，琳瑯滿目的商品車船把閘室映襯的格外鮮艷熱鬧，船上的284名旅客興奮地指點著閘室設備，一片喜悅之情。閘門關閉后，6艘艘船舶逐級運行通過三個閘室后，于17：30時在北線二閘室靠泊妥當。工作人員輕摁按鈕，五級運行程序正式啟動，三、一閘首人字門同時慢慢關閉，宣告了三峽船閘首次五級試運行正式開始。集控室內、閘室兩側工作人員嚴密監視設備及船舶動態，認真記錄下每一組數據。18：58時，一閘首人字門開門到位，六艘船舶在現代化設備的助引下逐級經過了五個閘室跨越了90多米的高程后，在燈光引導中開始駛向上游水域。與此同時，南線船閘下行五級運行也在同步進行中。
    按照三峽船閘設計要求，三峽船閘在上游水位超過152.4米時，將由四級運行轉換為五級補水運行，同時根據運行情況也可仍試行四級運行方式。蓄水后三峽大壩水位上游153米與下游67米左右，落差達到80多米，這正如高臺跳水，不可能一次完成，只能分級“接力”轉換。135米到152.4米以下只需四級“接力”就可，而152.4到156米以下則為臨界點，可采取一定方式發揮潛力仍維持四級。2006年三峽船閘完建前，為提高三峽船閘通過能力，三峽開發總公司及三峽船閘處以“156m四級運行原型觀測”為題開展研究，論證并確定優化閥門啟閉參數以提高閥門工作水頭等方式，在156m以下水位時仍可運用四級運行方式。2007年此水位時，船閘仍四級運行。2008年三峽水庫試驗性蓄水156米，將超過156米，三峽船閘運行方式將隨著上游水位變化由四級運行轉五級補水運行再轉五級不補水運行。為保證船閘運行方式轉換時的運行安全，并避免在臨界點頻繁轉換，計劃在上游水位154米~155米區間進行四級向五級補水運行方式轉換。
    三峽船閘此次五級運行是首次正式進行，相關準備工作均提前到位。2007年汛后庫區蓄水至156米后，在三峽船閘具備了五級運行的水位條件的情況下，相關單位在完成設備調試、程序調試后，于11月8日到13日分別安排了126個閘次計劃，進行了南（53閘次過船363艘次）、北（73閘次過船509艘）兩線五級試運行及實船試驗，并進行了分析總結。三峽船閘處以此為憑修改并確定了《三峽船閘五級運行保障方案》，對程序的轉換、運行監護、人員配備等進行了周密部署。2008年9月23、26日還分別對兩線船閘進行了維護保養，設備檢測等，全方位進行了縝密準備，力保轉換運行安全可靠。
    五級運行方式相較于四級運行方式，除閘室多運行一級外，其他變化不太大。三峽雙線五級船閘自2003年6月16日試通航以來，5年多來一直采用四級運行的方式，僅有四個閘室投入程序運行，一閘室僅是船舶進出的通道。五級運行后，一閘室投入運行，分擔水頭的消減工作。對船舶與旅客而言，船舶進出閘時的操作要求與所看到的景色同四級運行一樣，只是要享受一閘室的水位變化，卻可完整地體會五級閘室的風貌。從程序運行角度看，運行時間雖多了20多分鐘左右，但船舶從起錨、進閘到出閘的單位時間不會延長太多。
    另外，自9月28日始三峽通航管理局已通過因特網、GPS系統、長江水上信息臺廣播、上船通告、紙質送達船公司等多種方式進行通告了船方，各方都已做好準備。各級領導與職工帶班值守在一線，將加強水情觀測，通航指揮中心、三峽船閘均已提前完成程序轉換，保障十一長假期間通航安全和船閘運行穩定。
    另悉，五級運行方式將成為雙線船閘常態化的運行方式。但根據國家防總對三峽工程騰庫防汛的要求，每年6月汛期水位將下降保持在144米。一旦水位下降到設計規定的152.4米時船閘將轉換到四級運行。這就是說，以后每年汛期，三峽船閘都將是四級運行方式，除此為五級運行。