隨著成本更為低廉的深圳港口運輸業的發展，粵港間跨境貨柜車運輸已不復當年盛況。
1995年以前，深圳還沒有貨柜碼頭，也沒有國際航線，所有貨柜都要經香港出口，粵港間物流發展迅速，造就了香港貨柜車的鼎盛時期。曾經在物流公司工作的王江回憶：1993年前后，深港跨境運輸如日中天。因為貨運量大，為通關周轉便利，當時的物流公司不得不采用三節接力運輸的方法，即從香港碼頭到新界一段，從新界至皇崗口岸一段，過境之后再由內地貨車接駁。現在深圳鹽田、蛇口等碼頭發展迅速，正在興建中的大鏟灣碼頭更是潛力巨大，此消彼長，跨境貨柜車業務的逐漸下滑不可避免。
香港貨柜運輸業職工總會副主席謝浪介紹，目前在香港運輸署注冊的跨境貨柜車數只有1.2萬輛左右，貨柜車司機的工資已不到鼎盛時期的一半。為減低日常開銷，近兩成的貨柜車司機已經在內地安家。雖然貨柜車運輸業日漸衰落，但不會消失。香港葵涌碼頭和香港機場畢竟在服務方面效率更高，誠信度也較好，因此部分企業還是寧愿選擇從香港出口。
香港經濟研究中心早前一篇關于跨境道路運輸業的報道中提出，過境貨車與港口業務關系異常密切，若沒有有效率的跨境陸路貨運業配合，香港港口的高效率也無從發揮。隨著深港間口岸改善工程逐步施行、深港西部通道通車及兩地海關手續逐步簡化，過境貨運業將擁有非常有利的擴展空間。