據了解，鐵路南京南站為客運專線站，共設15個站臺，其中1至5號站臺供京滬線（上海至南京至北京）列車停靠，6至11號站臺供滬漢蓉線（上海至南京至武漢至成都）和寧杭線（南京至杭州）列車停靠，12至15號站臺供寧安線（南京至安慶）列車停靠。它啟用后，南京交通布局至少將發生以下四大變化：
　　第一，鐵路與公路南京南站建成后，將承擔我市80%以上的鐵路和公路客流，并將取代中央門地區成為南京的交通門戶。現有南京火車站的客運班次將減少，并適當加大貨運功能。“十一五”期間，南京西站還將搬遷至丁家莊物流中心內，并新建一條鐵路貨運專線與之配套。
　　第二，南京南站啟用后，中央門汽車站客流會隨之減少。
　　第三，京滬高鐵南京境內的另一個節點工程———南京大勝關大橋2006年7月已開工建設，這是一座六軌道鐵路橋，將搭載地鐵8號線兩股軌道過江。根據規劃，地鐵8號線從滄波門地區往東接上現有的寧蕪鐵路，再經中和橋、中華門、汪家村、西善橋等站點，一路向西經大勝關長江大橋過江，再向南延至橋林新城，成為都市發展區東西向一條新的軌道交通線路，今后市民過江只需幾分鐘。
　　第四，京滬高速鐵路設計時速達350公里，按照理論推算，南京到上海行程將不足1小時，南京到北京的行程將不足4小時，但據鐵路部門相關人士介紹，屆時列車并非全線保持高速運行，中途還需停靠車站，實際運行時間要延長。