對于新造集裝箱出口問題，稅務總局曾經與海關總署聯合發布《國家稅務總局 海關總署關于出口集裝箱有關退稅問題的通知》（國稅發[1998]48號），規定生產企業生產出口的新造集裝箱，交付到指定堆場并取得出口貨物報關單（出口退稅專用）的，即使未填寫運輸工具名稱等信息，仍準予辦理出口退稅。
隨著企業經營方式的多樣化，部分外貿企業也通過上述方式出口新造集裝箱，出口時，集裝箱不是作為一般貨物報關，而是作為其他貨物或運輸工具一并出口，因而報關單上無法填寫運輸工具名稱、航次等信息，無法完全滿足出口退稅審核的條件。部分地區稅務部門近期在受理外貿企業出口退稅時發現，48號文件只對生產企業的出口集裝箱做了規定，對外貿企業出口集裝箱情形并未明確。
為了公平稅負，進一步促進對外貿易的發展，稅務總局明確了企業出口新造集裝箱的退（免）稅規定，統一明確企業出口到堆場的新造集裝箱，取得出口貨物報關單（出口退稅專用），同時符合其他出口退（免）稅規定的，準予辦理退稅。這一規定，統一了集裝箱外貿企業和生產企業的出口退稅政策。
