盡管“營改增”改革大范圍推廣已“箭在弦上”，但分析人士卻指出，目前增值稅稅制自身設置在稅率結構、抵扣方式以及收入如何分成方面依然存在問題，要大范圍推廣增值稅改革，還需要對其稅制本身做進一步完善，否則改革的實際意義將會“打折扣”。 
　　稅率仍有下調空間
　　如何避免因改革增加企業稅負，從而實現整體降稅目的，成為“營改增”擴大推廣范圍面臨的首要問題。
　　“在上海試點中，出現了如物流業一樣稅負增加的問題，上海應對此問題只是成立基金對此進行修補改革，這只能應對局部問題，但若長期實施甚至推廣至全國，則肯定會遭遇一系列難題�！敝袊�社科院財經戰略研究院院長高培勇表示。
　　調整增值稅稅率結構或許能避免企業稅負增加。高培勇指出，降低增值稅稅率能達到結構性減稅效果，也能符合中國發展服務業的目標。
　　如何分成尚待明朗
　　除稅負增加問題，“營改增”后如何劃分中央和地方的收入成為增值稅改革面臨的另外一個難題。
　　由于營業稅為地方稅種收入歸地方，增值稅收入則是按照75%和25%的比例由中央和地方分成，在上海啟動“營改增”改革之初，為積極推動改革，當時政策明確，原屬于營業稅的這部分收入，轉成增值稅以后，仍然歸屬于地方。
　　“未來如果在全國范圍內推廣增值稅改革，不會允許把改征后的收入全部劃歸成地方收入�！� 財政部財政科學研究所副所長劉尚希表示，在地方政府財政收入增速放緩背景下，要推廣“營改增”改革，如果不理順如何劃分收入的關系，則改革將會面臨地方阻力，如果增值稅改革繼續推廣，稅收收入如何劃分問題就需要盡快理順。
　　抵扣鏈條亟待全覆蓋
　　盡管營業稅改征增值稅后能通過層層抵扣來消除重復征稅，從而降低企業稅負，但抵扣鏈條的不完善也將減少改革所發揮的實際效果。
　　我國從2009年開始，擴大了固定資產進項稅額抵扣范圍，允許納入增值稅抵扣范圍，但是仍然有房屋、土地附著物等不動產項目并沒有納入抵扣范圍。
　　“目前我國的增值稅還不是完全的消費性增值稅，增值稅改革應加快這一進程，這本身對企業來說也是個很好的減稅政策�！痹谥袊�社科院財貿所稅收室主任張斌看來，在未來的增值稅改革中，可以進一步完善抵扣鏈條，允許基礎設施從銷售額中扣除，使企業稅收負擔減輕。商報記者 丁開艷