我國冷鏈物流起步較晚，發展滯后，在中國冷鏈物流模式中還存在很多問題，以初級農產品為例，最薄弱的是農產品的收購和批發這兩個環節。從事農產品收購及批發的從業人員素質較低，農產品批發市場的環境臟亂差是非常普遍的現象，產品的交易場所、運輸過程根本無法滿足冷鏈的要求。以前普通百姓食用的果蔬禽肉，都是經過環境較差的批發市場流向超市、流向果蔬店，最終端上百姓的餐桌。 
    在這個過程中，經營者也嘗試改善交易環境，將原有的批發市場向物流中心轉型，但是由于缺乏專業的物流知識，他們的決策受到限制，往往做出錯誤決策，轉型后的場地不符合物流中心的基本要求，無法運作。所以，要改變這種現狀，需要物流專業人士參與決策，并且改善冷鏈物流環境，這是一個長期的工程，需要各個層面的共同推動。目前我國冷庫發展主要存在以下問題： 
    國內部分冷庫設計不盡規范，存在諸多安全隱患 
    國內很多冷庫的安裝操作人員未經專業培訓無證上崗，管理人員安全意識淡薄。很多冷庫屬于無證設計、安裝，缺乏統一標準，特種設備安全技術檔案缺乏的現象較為普遍。部分容積500m2以上以氨為制冷劑的土建食品冷庫，其地基處理、庫址選擇、制冷設備安裝等嚴重不符合《冷庫設計規范》（GB50072-2001）的要求，存在諸多安全隱患。許多冷庫名為氣調庫卻達不到氣調的目的，部分低溫庫剛建成就處于面臨停用或只能按高溫庫降級使用的局面。 
    冷庫利用率普通偏低 
    國內的冷庫庫體高度一般設計是高5m左右，但是在實際操作應用中，尤其是無隔架層的冷庫利用率低于50%，假如物品堆碼的高度一旦超過3.2m時，外包裝為紙箱的食品，因重壓變形、吸潮等原因極易出現包裝破裂、倒塌等現象，導致食品品質下降，造成較大的經濟損失。 
    冷庫的制冷系統維修措施不力，冷庫設備設施嚴重老化 
    制冷機的正常維修周期一般為運轉8000～10000h即應進行大維修；運轉1000h進行小維修；運轉3000～4000h進行中維修。定期對制冷系統進行維修、保養，可以及早消除事故隱患。因為國內大多數冷庫尤其是90年代以前所建的冷庫，冷庫設施設備陳舊、管道嚴重腐蝕、墻體脫落、地基下陷、壓力容器不定期檢驗，普遍開開停停，帶病運營現象十分嚴重。 
    自動化控制程度低迷 
    國外冷庫的制冷裝置廣泛采用了自動控制技術，大多數冷庫只有1～3名操作人員，許多冷庫基本實現夜間無人值班。而我國冷庫的制冷設備大多采用手動控制，或者僅對某一個制冷部件采用了局部自動控制技術，對整個制冷系統做到完全自動控制的較少，貨物進出、裝卸等方面的自動化程度普遍較低。 
    冷庫節能措施未引起足夠重視 
    冷庫屬于耗能大戶。有數據表明：蒸發器內油膜每增加0.1㎜，就會使蒸發溫度下降2.5℃，電耗增加11%。冷凝器中若存在油膜、水垢或蒸發器外表結霜等問題均會導致蒸發溫度下降，耗電增加。