云南是全國水資源較為豐富的省份，排列全國第三位（西藏、四川、云南）。主要有金沙江、瀾滄江、紅河、南盤江、怒江等5條干流及其支流63條，長14200公里，其中可開發利用的航道有8000多公里，分屬于長江、瀾滄江、珠江、紅河、怒江、伊洛瓦底江等六大水系，有高原湖泊30多個（湖水面積1100多平方公里）和各類水庫5500座。特殊的地理位置，使云南水運在全國來說具有其它省份無法相比的“三出境、二入省”的獨特區位優勢。金沙江、南盤江分別是長江、珠江上游，通過云南省境內的長江第一港—水富港和珠江源頭的富寧港，可直達我國經濟發展最快的華中、華東和華南地區，并連接港澳。 
　　上世紀80年代初，云南省開辟了金沙江—長江航運通道，船隊通過長江直達上海，成為我國最長的內河航線（2880公里），實現了我省水運走出省門的突破。上世紀80年代至今的近二十年來，經過不懈努力，云南省水運又拉開了瀾滄江—湄公河國際航運開發的序幕，實現了云南水運走出國門的歷史性跨越。瀾滄江—湄公河一江連六國，經中、老、緬、泰、柬、越，在越南胡志明市進入南中國海；紅河從河口進入越南，經河內到海防出海；伊洛瓦底江縱穿緬甸腹地，經八莫、瓦城到仰光。這些外向型對外水運通道，為云南乃至我國走向東南亞、南亞，發展外向型經濟提供了最優勢的自然條件。 
　　近年來，我國對外開放不斷深入，從“八五”以來，國家實施西部大開發戰略，建設大湄公河次區域經濟合作區和中國—東盟自由貿易區先行示范區，云南水運通道越來越凸顯出重要的地位和作用，將成為我國聯系東南亞、南亞這個全世界經濟、社會、人口最活躍的最便捷的水路通道。不僅如此，隨著云南省六大水系近二十年開發水資源戰略的實施，約30多個大中型電站形成的梯級庫群，可延伸3000公里的深水航道，新辟約3000平方公里的航運水域，這是云南省最重要的水運資源，也是云南水運巨大的財富，在全國來說都實屬少見。 
　　進入“十一五”后，云南水運建設發展速度加快。2008年底，云南省政府出臺了《云南省人民政府關于加快水運事業發展的若干意見》，水運正以一個嶄新的面貌不斷發展。2010年，云南水運通道重點項目建設快速推進，庫湖區航運基礎設施建設工作全面提速，完成計劃投資任務2.03億元，“十一五”期，完成投資6億元，比“十五”期翻一倍；全省安全監管連續20年保持了水上交通安全形勢的穩定;客運量完成731.2萬人次，貨運量完成402萬噸，同比增11.2%、16.5%，十一五期，客運量完成3170萬人次，貨運量完成1578萬噸，同比增63%、74.6%；航道管養實現歷史性突破，2010年全省通航里程從2764公里提升到3109公里，“十二五”期預計將提升到4000公里。