1.行業和地域發展不均衡 
　　目前，電子商務網站就所處的行業分布來看，排在前十名的依次為：紡織服裝、數碼家電、鋼鐵機械、建筑建材、農林畜牧、五金工具、化工醫藥、禮品飾品、包裝印刷、食品糖酒。工業行業所占比例較低，消費品行業比例較高。
　　從地域分布來看，電子商務企業多聚集在經濟發達區域，其發展極不平衡。例如，僅浙江省就匯集了全國50%左右的行業電子商務服務商，其中包括阿里，化工網，際通寶等龍頭電子商務平臺，累計帶動10萬中小企業參與電子商務。
　　2.中小企業對電子商務的認知尚淺
　　隨著電子商務的快速發展，電子商務平臺企業之間的競爭必隨之更為激烈，其產品或服務同質化現象逐漸凸顯。同時，消費者的需求卻呈現出多樣化、個性化、定制化的發展趨勢。如果我國電子商務不能很好地與傳統工業領域結合，不能與不發達區域包括農村市場有效對接，其發展空間很難有新的突破。
　　在中國電子商務的市場上，目前存在的最大的問題是中小企業對電子商務的認知程度很低，目前僅有42.6%的中小企業在使用電子商務服務，發展空間很大。雖然在金融危機的影響下，部分中小企業開始逐漸意識到電子商務的好處，并且開始嘗試使用電子商務服務，但是目前大部分的中小企業還處在觀望狀態，對電子商務的認知尚淺。
　　所以，政府和企業都需要做好市場培育的工作，加大宣傳力度，做好企業參與電子商務的意識引導、培育，增強他們對電子商務的信心。作為電子商務企業的“際通寶”，與傳統企業開展的合作運營對企業電子商務深度參與具有較高借鑒作用，引導企業從電子商務參與者轉向電子商務運營者是個提高認知水平的較好方式。
　　3.中小企業電子商務人才的缺乏
　　目前，中國電子商務行業都缺乏具有經驗的電子商務人才，尤其是中小企業在吸納人才方面有很大的阻礙。電子商務的推廣方式不同于中小企業原有的傳統的模式，中小企業已經習慣了原有的傳統的銷售模式，在利用電子商務進行推廣時需要改變原有的銷售模式。所以，電子商務運營商需要幫助中小企業做好人才培養工作。目前像阿里學院、際通寶導學培訓已經開始了這方面的培養工作。其中際通寶導學培訓工程，計劃在2012年培養和孵化超過1000家行業網站和運營專業人才。
　　4.物流資源整合始終制約電子商務發展
　　除了急劇增多的網購訂單需要處理和遞送之外，電商遇到的問題還包括更多的商品需送至相對偏遠的地區，以及客戶對遞送速度和服務質量要求的不斷提高。然而，提供可靠的送貨服務，卻是件說起來容易做起來難的事情。
　　高品質物流供應商的稀缺，通常導致遞送延遲、損壞和丟失、快遞員態度差、緩慢的貨到付款(COD)流程、低效的退貨程序，以及無法提供諸如簡單的安裝或“試穿”之類的特殊服務。“諸如此類的末端派送和客戶支持問題，難免會影響到網商的信譽和品牌形象。”科爾尼(上海)董事顏志偉說。
　　5.傳統行業與電子商務融合度不高
　　電子商務的快速發展是這兩年商業領域最重要的變化，也對傳統的商業渠道產生了重要影響，未來這兩種商業渠道是融合還是相互競爭，值得業界探討。不過在可見的將來，兩個渠道會按照各自邏輯發展。電子商務覆蓋區域廣，產品可以無限上架，減少了商鋪租金、倉儲物流等支出，成本上有一定優勢。而傳統的線下渠道則可以提供更好的設計、更佳的視覺效果，提升購物體驗，增加消費者信心，提升品牌價值等等。競爭顯然不是政府想看到的結果，所以大力宣傳電子商務要與傳統產業融合，但融合方式好像很難拿捏。
　　電子商務領域的王者——淘寶，曾經高調宣稱要建立線下連鎖渠道，希望借此來擴展用戶基礎，吸引更多消費者通過淘寶購物。但是目前為止，淘寶線下渠道進展緩慢。據內部人士消息，實際上淘寶已經放棄了線下拓展計劃。而2011年4月際通寶推出以行業天下為產品的行業網站連鎖,采用合作經營方式與傳統企業龍頭企業進行聯合，各自貢獻自己的優勢資源輔導傳統企業共建和經營行業網站，然后用統一際通寶品牌進行連鎖是個事半功倍快速成長的發展模式。
　　由此看來，融合發展似乎是當然之選，但這種行業網站連鎖經營模式似乎對傳統行業的龍頭企業更有收益。
　　6.移動電子商務雷聲大雨點小
　　從技術角度來說，基于傳統互聯網的電子商務平臺搭建是非常簡單的，而基于手機平臺的移動電子商務平臺搭建是很困難的。基于PC的電子商務應用，可以說是基于瀏覽器的應用。再看基于手機平臺的電子商務應用，僅從操作系統來看，就要涉及Andriod、IOS、Symbian等多個手機操作系統平臺，更不用說還有終端型號、網絡、瀏覽器等多種因素。短信網址的概念讓不少投資者叫苦連天吃盡苦頭，到現在也沒能發展到應用上來。一些電子商務巨頭也都推出了手機平臺，例如百度、騰訊、阿里、際通寶、京東等，但相比pc市場用戶群基本可以忽略不計。當然也正因于此，充滿多元化、差異化和個性化的移動電子商務的發展充滿了無限的想象力。
　　7.誠信是制約電子商務發展的最大瓶頸
　　據中國電子商務協會副理事長趙銀虎9月4日公布的《中國電子商務誠信狀況調查》顯示，有23.5%的企業和26.34%的個人認為電子商務最讓人擔心的是誠信問題。
　　趙銀虎表示，電子商務的誠信已經成為公眾和企業最關注的問題，但面對誠信危機，公眾和企業可采取的自我防范措施十分有限，這在一定程度上會限制用戶網上交易的積極性。根據際通寶調查發現，64.2%的公眾和71.1%的企業在網上交易時會查看賣方的信用評價。企業信用狀況無疑是解決電子商務誠信問題的一個很大因素，但目前我國還沒有一個權威公正的信用體系。
　　8.電子支付市場的規范
　　2011年5月26日，中國人民銀行在網站上公布了獲得第三方支付牌照的首批企業名單，27家企業榜上有名，5家申請企業因為種種原因落榜。網站資料顯示，這27家企業于18日獲得第三方支付許可證（支付牌照）。牌照的有效期從發證日2011年5月18日-2016年5月2日，約5年時間。
　　際通寶CEO丁國棟表示：支付是電子商務的核心環節。《支付業務許可證》的發放，將賦予支付企業合法地位，促使電子商務交易領域更加規范合理。這次首次發放牌照是我國電子商務發展歷程中的具有里程碑意義的大事，下一步希望引導這些獲得牌照的企業形成良性競爭，整個電子商務市場獲得的助推效應會非常明顯。