“十一五”是長江航道大投入、大建設的快速發展時期。長江航道發展緊緊抓住合力建設長江黃金水道的歷史性機遇，積極推動長江航道科學發展，取得了“兩大歷史性突破、三大顯著提升、一個進一步凸顯”的突出成就，即：航道建設和航道服務實現了歷史性突破，發展觀念、科技創新能力、行業管理水平得到明顯提升，長江航道在沿江經濟社會和長江水運發展中的地位與作用進一步凸顯。 　　經過5年大跨越，長江航道通過能力提高五成以上，長江貨運量取得世界內河六連冠，成為拉動沿江經濟快速發展的有力支撐。
　　54億大手筆通暢千里水上“黃金路”
　　“十一五”以來，長江航道建設投資力度空前加大。“十一五”期前3年累計完成投資17.82億元，已經超過“九五”、“十五”期建設水平；2009年，交通運輸部在計劃投資7.1億元的基礎上，進一步追加投資10億元，全年建設投入達到17億元，規模之大前所未有，長江航道建設進入了全面加速的快車道。
　　在過去5年中，長江航道局按照“延上游、暢中游、深下游”建設思路，完成建設投資54.24億元，長江35處礙航淺灘得到了大規模整治。
　　在下游，先后實施了張南、東流等航道整治工程、10.5米深水航道上延工程、太子磯炸礁工程以及馬當沉船打撈工程，使下游航道實現了深水化，南京以下航道水深與長江口深水航道建設同步銜接，由7米提高到了10.5米。
　　在中游，先后實施了陸溪口、周天、馬家咀、嘉魚—燕窩、瓦口子等航道整治工程，枯水期通航緊張局面明顯緩解，在長江航道發展歷程上具有重大意義。
　　在上游，結合三峽工程建設，實施了庫區部分河段炸礁和助航標志遷建工程，庫區航道得到了一定程度的改善，并且實施了瀘渝段、敘瀘段航道整治工程，提高了上游航道等級。
　　通過集中治理，長江下游航道初步實現了深水化，南京至太倉段航道水深達10.5米，太倉至長江口航道水深達到12.5米，3萬噸級海輪可常年通達南京，5萬噸級海輪可常年到達太倉；中游荊江河段的最低航道維護水深從2.9米提高到了3.2米，枯水期通航緊張局面明顯緩解；上游重慶至宜賓航道最低的航道水深從1.8米提高到了2.7米，達到三級航道標準，實現了2688公里干線航道全河段全天候通航。
　　優化服務航道運能提升五成
　　在推進航道系統治理工程的同時，長江干線航道的服務能力也逐步提升，全面提高維護水深，航道通過能力得到了極大釋放，實現了從“瓶頸制約”到“初步適應”的歷史性跨越，進一步釋放長江水運潛力，產生了巨大的社會效益和經濟效益。
　　通過“十一五”建設，提高了長江干線蕪湖—南京、宜昌—城陵磯以及宜賓—瀘州、重慶—涪陵河段航道維護尺度標準，航道維護尺度及其保障率得到進一步改善。蕪南段航道維護水深非汛期由6.5米提高到7.5米，汛期由7.5米提高到9米，萬噸級海輪可直達蕪湖；宜昌—城陵磯河段航道維護水深提高到3.0米，一舉打破延續56年的長江中游枯水期航道水深2.9米的局面；上游宜賓至重慶水深提高到2.7米，歷史上首次實現了干線航道全河段晝夜通航，在長江航道發展歷程上具有重大里程碑意義。
　　長江干線航道維護尺度的大幅度提升，極大地釋放了長江航運潛力。長江航運經濟技術研究所的一項研究表明，長江干線航道維護尺度提高后，航道條件大為改善，長江上、中、下游航道通過能力分別提高了4171萬噸、2362萬噸和13548萬噸，產生直接經濟效益47.29億元，每年可帶動長江沿線地區GDP增長536億元。此外，平均運輸每萬噸公里貨物燃油消耗量可降低11.6％，減少二氧化碳排放量28.76噸。
　　轉變方式航道建管養協調發展
　　“十一五”期，隨著長江航道加快發展，長江航道發展思路和理念也發生了極大的改變。長江航道局提出了長江航道建設“三破三立”的發展觀念——破小規模投資建設的思路，樹立超前謀劃、主動作為，進行大規模系統建設的工作理念；破過于強調內部保護的思想，樹立海納百川、內外并舉的開放思維；破亦步亦趨的思想，樹立率先發展、勇創一流的世界眼光。
　　長江航道建設發展逐步轉變發展方式，走向科學可持續發展，踐行以管理為根本、以建設為途徑、以養護為手段的思路，實現航道建管養協調發展。
　　在“十一五”期，一批先進的裝備設施投入到長江航道建設中，以新型航標船和測量船為代表的航道維護船艇、以300方首沖自航耙吸挖泥船和8000方大型耙吸挖泥船為代表的航道維護疏浚船舶、以40米鋪排船和拋枕船為代表的航道整治建筑物維護船舶的建造和投入使用，極大地提高了航道維護生產的效率和安全性能，提高了長江航道維護保暢工作能力。
　　在大規模整治工程建設中，堅持生態和環保理念，積極采用國內外航道系統整治成熟先進的施工技術、工藝和材料，注重節能減排和保護環境，將航道整治建設施工對生態環境的影響降低到最小，推動建設生態環保型、資源節約型現代化長江航道。
　　數字航道構筑新的里程碑
　　“十一五”期間，長江航道部門堅持“科技興航”戰略，努力推進創新型航道建設，數字航道建設取得重大突破。2008年，南瀏段數字航道建設示范工程通過了交通運輸部驗收，長江干線的電子航道圖全線貫通并試運行；基本構建起“長江數字航道”的框架，開始實現航道維護管理由傳統模式向數字化和信息化模式的轉變，部分河段實現數字化管理，成為長江航道建設發展史上的里程碑。
　　2009年，完成了第三期宜賓—鳊魚溪、大埠街—慈湖口兩段電子航道圖的生產制作，覆蓋2688公里長江干線的電子航道圖完成制作和開始試運行，有力促進了長江數字航道的建設。
　　結合長江南瀏段數字航道示范工程和三峽庫區航路改革工程，為航標維護、水位信息的采集提供了重要的基礎手段，航道信息發布更加及時，航道維護信息發布由分月改為分旬，特別是航道全線按分段、分主要淺水道對外發布實際維護尺度，便于運輸船舶及時掌握航道變化情況，合理配載，提高了營運效益。船東對長江航道維護、航道行政管理、航道信息服務、航標管理的滿意率總體保持上升趨勢，2009年達到86.3%，超過長江航運船東滿意率總體滿意度。
　　“十一五”期間，除長江數字航道建設外，還實施了“長江航道局信息系統二期工程”，初步搭建構成長江航道信息網主干的信息網絡。建設了航道基礎資料、船舶機務、測量、生產計劃、助航設施和綜合管理等6個基礎數據庫，航道船舶機務管理系統、長江航道內外網網站等業務應用系統逐漸成熟。