為及時掌握臺灣海峽兩岸間海上直航運輸動態，加強兩岸間海上通航管理，交通運輸部最近發布了“兩岸海上直航運量統計報表制度”，該項制度自2011年1月1日起正式實施。這是第一個關于臺灣海峽兩岸海上直航運輸的統計報表制度。
該項制度要求所有從事臺灣海峽兩岸間海上直航運輸的船公司，按季度向部水運局報送兩岸海上直航客貨運量數據。其中，從事直航運輸的臺灣及港澳地區船公司，通過其大陸船舶代理公司報送。