作為“北煤南運”的主通道，蘇北運河在電煤運輸中發揮著重要作用。據統計，目前日均通過蘇北運河電煤運量達12.5萬噸。
 蘇北航務管理處10道船閘、4個航道站和1個應急保障中心全線整體聯動，全力保障電煤運輸“綠色通道”安全通暢，簡便手續，優先放行。一方面對裝運電煤的運輸船舶及時受理，優先安排，快速通過。特別是對發電與供熱等企業，可以通過安裝在煤炭運輸船舶上的GPS終端，進入蘇北航務處政務網站“電煤優先保障受理系統”，隨時了解電煤運輸船舶運行動態。同時，加強船閘運行現場協調指揮，發揮“零間隔”登記制度的作用，縮短煤炭運輸船舶過閘時間，加快調船節奏，充分利用閘室容量，提高運行效率。