發改委指出，目前物流業存在的主要問題包括：物流企業經營仍面臨較大困難。據對全國重點物流企業統計調查顯示，物流企業前三季度主要運營指標雖然好于上半年，但仍呈普遍下降之勢。如貨運量同比下降1.5%，配送量同比下降17.3%，流通加工量同比下降16.5%。與此同時，企業效益繼續下滑，主營業務利潤額下降17%，近六成企業利潤額同比負增長，近一成企業虧損。 
　　二是物流需求依然不足。目前，出口相關物流需求上升較為緩慢，珠三角等外向型經濟區域的物流需求還沒有太大改觀。與發達國家相比，中國制造業物流整合外包的比例依然偏低。
　　三是企業運作面臨一些實際問題。物流企業各環節稅率不統一，運輸、裝卸的營業稅為3%，倉儲、配送為5%，影響了企業的一體化運作。倉儲土地使用稅增幅過大，最大提高了15倍，超過企業承受能力。部分大中城市配送車輛市內通行難的問題依然存在。物流企業融資渠道較少，企業面臨較大的資金壓力。