對臺小額貿易以其便利靈活的運作模式和高效快捷的通關效率，在“大三通”后優勢不減，成為2009年兩岸貿易的一大亮點。廈門海關統計顯示，2009年頭11個月，福建省對臺小額貿易值1.1億美元，同比增長51.5%。其中進口9093萬美元，增長55.2%；出口1777萬美元，增長34.8%。 
　　據了解，對臺小額貿易貨物主要通過臺灣船舶在福建對臺小額貿易點與臺灣金、馬、澎地區之間運輸，然后由兩岸物流公司發送到臺灣本島或大陸其他地區，是一種特殊的“快運”形式，其批量小、批次多、效率高、配送靈活，具有兩岸直航之后的大規模航運所不具備的優勢。在正常情況下，一批貨物從臺灣本島經由小額貿易渠道進口，在登陸的第二、三天就能送到貨主的手中，成熟的物流運作網絡和“點對點”的快捷服務在兩岸直航實現之后亦難以取而代之。