雖然我國醫藥物流從興起發展至今已有時日，但目前的醫藥物流更多的只是概念的炒作，缺乏對醫藥物流的真正理解和切實執行。很多處于“做醫藥物流”的人還沒有弄清楚到底什么是物流。這說明從投資或經營的觀念上來看，人們對醫藥物流仍然存在一些誤區： 
    1.醫藥物流就是醫藥經營企業
    這種觀念認為，所謂的醫藥物流就是醫藥經營即醫藥流通企業，說白了就是我國目前醫藥流通領域的醫藥商業企業。因為他們認為醫藥商業企業處于供應鏈的下游，是醫藥營銷渠道中占主導地位的成員，承擔了藥品分銷流轉的主要任務，因此他們就是物流的執行者。
    2.醫藥物流就是藥品配送
    還有一種觀念，以偏概全地認為建幾個倉庫配備幾十輛貨運卡車就叫物流，醫藥物流工作就是藥品的配送工作。其實，配送和運輸只是醫藥物流的一個具體環節而已。除此之外醫藥物流還包括藥品供銷配運環節中的驗收、存儲、分揀等一系列環節。
    還有人認為醫藥物流就是要配備進口的設備、先進的系統。因此一些醫藥企業不顧實際，能用低廉的人工完成的分揀，卻偏偏要花巨大代價引進先進物流分揀設備。
    3.中小規模企業沒有必要也無法整合物流
    據行業統計，目前全國藥品批發企業1.65萬家，零售企業近14萬家，全國零售藥店總數12萬家、藥品生產企業6300多家。這些企業中95%以上都是中小型醫藥企業，與此同時認為中小規模醫藥企業沒有必要也無法開展物流整合是我國目前醫藥物流發展過程中的一大認識誤區。雖然中小型醫藥企業在投入上無法與大型企業相比，無法成為供應鏈整合的領導者，但是作為現行醫藥供應體系中的一部分，任何一個供應鏈的優化項目都離不開這一環節。在中國醫藥供應鏈整合逐步受到重視的將來，任何一個供應鏈中的成員也希望有這樣的戰略合作伙伴參與到項目中來，以共同探索成功之道。事實上，中小型醫藥企業可以在兩個層面上開展物流整合，以提高物流服務水平、降低物流成本。一是在作業層面上，積極優化內部作業流程以提高效率和客戶服務水平，并探索與第三方醫藥物流企業的合作模式以取得成本降低；二是在戰略層面積極參與到大型企業領導的供應鏈整合中去，從上下游環節取得成本降低和服務提高。
    4.設備和技術決定競爭能力
    認為物流設備、技術越先進就越有利于強化企業競爭力，越能吸引客戶和戰略合作伙伴，在物流項目的建設上重技術先進性帶來的宣傳效應，而輕視了系統應用中的協調一致性，是當前國內醫藥物流投資的又一誤區。這一認識的直接后果就是物流系統化、信息化、自動化不是為自己“量體裁衣”，與現有的業務規模和管理水平不匹配。事實上，作為一項系統工程，物流效率和服務水平的高低不是取決于整個系統最強的部分，而是取決于最薄弱的環節。單一技術環節的高要求、高投入并不能顯著改善整個物流系統的表現。從戰略投資者、商業合作伙伴或者是下游的客戶的角度來說，更注重的是整個物流系統的可靠性、完整性和物流整體服務水平的高低，而不是物流設備、技術的先進程度。中國的醫藥物流要由傳統的粗放型向現代化的信息型轉變，存在著政策法規、業態流程、經營模式、觀念、軟件開發和人員這幾大障礙，這幾個主要的問題不解決，設備和技術再先進也無用武之地。’
 5.物流業就是儲運業 
    許多大大小小的儲運公司實際上進行著運輸、保管、包裝、裝卸、流通加工等與物流有關的各種活動。所謂儲運主要是指存儲和運輸。儲運業在我國是一個十分古老和傳統的行業。而物流相對于儲運而言卻是一個新的概念，在二戰后才在各國興起，物流業和儲運業之間存在如下差別：
    （1）儲運和物流的內含有區別。儲運基本上只指儲存和運輸這兩個環節，雖然有時也涉及到物品的包裝、裝卸、流通加工及相關信息活動，但一般這些活動并不包含在儲運的概念之中，而物流則包括物品的運輸、保管、配送、包裝、裝卸、流通加工及相關信息活動，所以物流比儲運所包含的內容更為廣泛。
    （2）在儲運的概念中并不涉及存儲運輸與其他活動整體系統化和最優化的問題，而物流則十分強調相關活動的系統化，以期達到整個物流活動的整體最優化。（沈陽藥科大學教授陳文玉）