明確了發展目標，接下來上海該怎樣將《意見》精神轉化為一個個具體的項目來“落地”呢？上海交通運輸與港口局研究室處長茅伯科表示，上海必須在四個方面有所突破。 
　　首先，上海必須抓住一個主要突破口，即洋山保稅港區建設。作為國家最高等級的保稅港區，2005年12月洋山保稅港區開始運作至今，雖然發展速度很快，但仍舊面臨諸多瓶頸，比如整個建設成本過高，企業商務運作成本居高不下，比如港口作業與后方港區配套設施銜接不夠，主要功能發揮不理想等。茅伯科認為，雖然此次國務院《意見》給保稅港區發展提供了許多優惠政策，但這些政策能不能充分發揮它應有的作用，關鍵還看上海能不能創造性地運用政策。在這方面，上海還應該積極吸取全國其他保稅港區的成功經驗，取長補短，充實自己，比如青島保稅港區把現成的保稅區、保稅物流園區和青島前灣港區整合起來，所有的東西都是現成的，這樣一來商務成本降低，建設成本也相對較低，而且建設時間短，受到了企業的歡迎。
第二個突破口，就是盡快完善航運服務功能區。此次，國務院明確了上海發展“一港三區”的建設格局，專家認為在建設中必須注意幾大問題：首先是各區發展要統籌，不能相互挖墻腳，關鍵要爭取優質資源，擴大整體增量。“一港三區”要形成合力，共同出臺一些有力措施。其次，在航運服務功能區發展上，上海也不能僅僅局限于“一港三區”范圍，比如寶山區占據長江、黃浦江兩江岸線，航運資源豐富，水上客運集聚，散貨物流、港航物流、內貿物流發達。盡管在這次《意見》中，寶山并未列入“一港三區”的整體格局，但上海在進行航運功能布局時有必要統籌規劃。 
　　第三，必須建立能充分調動各方積極性的推進機制。建設國際航運中心，是市場推進，政府推進還是二者結合？茅伯科認為，由于航運中心是一個國際化建設過程，因此必須和國際慣例接軌，在建設中不能僅僅依靠政府推動，而忽略了市場、中介以及企業的動力。“所以如何扶持一些國際龍頭企業，發揮市場作用，是上海未來必須考慮的問題。”
　　最后，集疏運體系建設必須服從大局。專家表示，上海港集疏運體系建設不能僅僅局限于滿足上海港的箱量增加，而要從如何更好地帶動長江流域經濟發展這一高度來認識。事實上，中央要求上海完善集疏運體系，一來是為了緩解上海環境資源承受力有限的問題，而更重要的是，要讓上海國際航運中心發揮更大的影響力和輻射力。因此未來，上海港集疏運體系的重點應該是完善水水中轉，同時兼顧公路運輸和鐵路運輸發展，努力擴大服務半徑。