對于電子商務而言，一個良好的生態系統是成功的必要條件。面對誠信、支付、物流這三大電子商務必須解決的難題，合作創新就成為解決之道。阿里巴巴在電子商務領域的成功，恰好表明了合作創新的重要作用。 
　　合作創新，就是要“打造開放、協同、繁榮的電子商務生態系統”。數年來，阿里巴巴協同金融、物流、認證、IT、會展等行業，共同改善中國電子商務的整體環境，努力構造出一個“誠信、高效、便捷”的全新商務環境。
　　誠信，是最終決定競爭勝負的關鍵，而不是資金或技術。2002年3月，阿里巴巴啟動了“誠信通”計劃，對構建一個誠信商務社會提出了創新設想。該計劃主要通過第三方認證、證書及榮譽、阿里巴巴活動記錄、資信參考人、會員評價5個方面，來審核和記錄申請“誠信通”服務的商家的誠信。事實上，誠信機制的建立同樣也是淘寶網脫穎而出的關鍵。
　　支付，是決定電子商務效率和對用戶吸引力的重要因素。支付寶通過與中國郵政的合作，推出了“網匯e”，使得沒有網上銀行的用戶，也可進行網上安全消費；通過與建設銀行合作推出支付寶龍卡，使得網上購物付款不再需要登錄網上銀行，從而有效縮短交易流程。
　　在物流領域，阿里巴巴集團與物流公司緊密合作，共同服務于電子商務用戶。以e郵寶為例，它是中國郵政專門為淘寶用戶打造的一款國內經濟型速遞業務，專為個人電子商務而設計，其價格和服務受到了廣泛歡迎。
　　點評：
　　數年以前，誠信、支付、物流等幾大難題，一直嚴重制約著中國電子商務的發展。而阿里巴巴集團與合作伙伴的共同創新，則在一定程度上解決了這幾大難題，并使中國電子商務以鮮明的中國特色，自立于世界互聯網的商業版圖，贏得了世界性的聲譽和積極評價。事實上，正是由于這三大難題的逐步解決，電子商務行業迎來了“井噴”。數據顯示，2008年電子商務的交易總額刷新為24000億元，而2004年的這一數字為4400億元。