5月16日，首屆海峽論壇活動內容之一的兩岸海上直航圓桌會議在福建省廈門市召開。會議期間，交通運輸部發布了進一步促進兩岸海上直航的九項政策措施。交通運輸部副部長徐祖遠、福建省副省長張志南以及來自兩岸的近150位航運界代表參加了會議。 
　　這九項政策措施具體如下： 
　　增設5個直航港口（港區）。大陸方面增加銅陵港、石島港、萊州港、臺州港大麥嶼港區、寧波—舟山港沈家門港區5個直航港口（港區）。至此，大陸方面共有68個港口（港區）為兩岸海運直航港口（港區）。 
　　宏觀調控直航運力。根據《海峽兩岸海運協議》確定的“平等參與、有序競爭，根據市場需求，合理安排運力”原則，為避免運力盲目增長，導致惡性競爭，將根據市場供求關系，以集裝箱班輪、客船和散裝液貨船為重點進行運力宏觀調控。 
　　便利兩岸砂石運輸。為兩岸砂石貿易提供運輸便利，更好地滿足臺灣方面砂石運輸需求，促進兩岸經貿發展，不再對天然砂運輸船實行單獨發證，將天然砂運輸船的業務范圍統一調整為“砂石運輸”，同時，加強對老舊船舶的安全檢查，保障安全。 
　　臺灣直航航運公司享免稅優惠。自2008年12月15日起，大陸對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，免征營業稅和企業所得稅。 
　　鼓勵互設機構。大陸方面已就落實《海峽兩岸海運協議》確定的互設機構做好了安排，歡迎臺灣航運公司在大陸投資設立經營性機構，大陸相關部門將積極提供協助和便利。同時，大陸方面支持兩岸驗船機構開展合作交流，積極促成互在對方設立辦事處；在設立辦事處前，為驗船人員來往兩岸開展業務提供便利，及時執行檢驗和處理緊急事務。 
　　允許兩岸登記的非運輸兩岸間貿易貨物的船舶，從兩岸港口或第三地港口進入對方港口。掛旗方式按照《海峽兩岸海運協議》規定的船舶識別方式執行。如上述船舶運送兩岸之間的貿易貨物或中轉貨物，應按照兩岸主管部門對直航船舶的管理規定辦理。 
　　支持非商業運輸船舶往來。對兩岸資本的非商業運輸船舶（如航海教學實習船、海洋科學考察船、工程船等）進入對方港口，按照《海峽兩岸海運協議》確定的精神，予以支持，按個案方式予以審批。 
　　加強《海峽兩岸海運協議》聯系實施機制。大陸方面的海峽兩岸航運交流協會將進一步加強與臺灣方面相應機構的聯系，為兩岸相關主管部門指定人員提供便利的聯絡渠道和服務，及時協調處理《海峽兩岸海運協議》實施中的相關事務。 
　　推動海上安全合作。大陸方面繼續推動兩岸海上安全等方面的交流和合作，加強對口磋商，共同保障海上人命、環境和航行安全，并盡快協商編制兩岸直航船舶共同技術標準。 
　　交通運輸部副部長徐祖遠指出，目前，兩岸海上直航需要進一步研究建立兩岸相關主管部門指定人員間的溝通、協調機制，以便迅速、有效地解決在兩岸海上直航過程中遇到的新情況、新問題，保障兩岸海上直航健康、有序發展。他強調，安全是兩岸相關主管部門共同關心的問題，兩岸驗船機構有必要盡快聯合制定直航船舶的共同標準，從技術上把好船舶準入關；兩岸海事部門和海上搜救部門應加強合作，加大船舶安全監管力度，擴大和深化已有的海上搜救合作。 
　　福建省副省長張志南表示，自海峽兩岸基本實現“大三通”以來，福建省沿海8個一類開放口岸已全面對臺開放。今后，福建省將以“一流設施、一流服務、一流品牌”加快推進“大三通”，把福建發展成為兩岸人民交流往來的綜合樞紐和主要通道。 
　　臺灣海峽兩岸航運協會董事長、長榮海運公司董事長王龍雄表示，兩岸海上直航開通以后，給相關產業帶來了巨大商機。面對國際金融危機，兩岸經貿合作比以往任何時候都更加重要與迫切。 
　　會議還圍繞全面貫徹落實《海峽兩岸海運協議》，擴大兩岸在海運領域的交流與合作，共同應對金融危機，實現互惠共贏，以及加快海峽西岸經濟區建設，加強閩臺港口、航運及物流合作等問題進行了廣泛的溝通和交流。