面對復雜多變的經濟形勢，微山縣切實落實科學發展觀，通過調優農業、調強工業、調高新產業，促進產業結構優化、效益提升，使國民經濟呈現出又好又快的發展態勢。 
　　發展優質特色農業，壯大經濟基礎。微山縣立足自身農、牧、漁、林等優勢，充分發揮基地輻射帶動作用，大力調整農業種植結構，發展具有湖區特色的淺水藕、蘇菱、芡實和杞柳等種植業和大規模雙孢菇養殖業。目前，共人工種植杞柳5.15萬畝，蘆竹、優質蘆葦、菱角、蓮藕、芡實、馬蹄等1500畝，自然恢復保護當地葦子、香蒲、苦江草和藻類等水生植物3000畝。重點完成微山島鄉1000畝退耕還林任務，圍繞旅游開發，建設形成以棗園、柿園、核桃園、石榴園為主的四大林業園區。同時，發展河蟹、烏鱧、鱖魚、泥鰍、小龍蝦等名優水產品養殖，加大鴨棚建設，增加麻鴨養殖數量。麻鴨飼養量1000只以上的規模養殖戶832戶，存養10萬只以上的養鴨基地5處，鴨蛋年產量18858.54噸；實現名優水產品養殖面積達到26萬畝，高效經濟作物面積達到13.5萬畝，規模以上農業龍頭企業發展到73家。 
　　調強工業科技含量，筑牢經濟支撐。以新型工業化為指引，提高工業的科技含量，引導企業向“專、精、特、新、優”方向發展，實現工業經濟質量和效益的同步提升。大力發展以“節能”為主題的船用風力發電機、LED燈、霓虹燈帶等高新技術產品，申請取得了環保鍋爐、新型次氯酸鈉消毒液穩定方法等15項專利技術；“風光水油混合儲能電力直驅推進船”技術順利通過審查。通過科技解決高硫煤開采技術工藝、安全生產技術、潔凈煤技術、煤焦化氣化及多聯產等技術，尋求煤炭第三產業。 
　　調高新產業服務質量，增強經濟活力。以旅游、商貿、物流等第三產業為重點，快速推進服務業發展，積極構建以紅色旅游為主導、生態休閑旅游為重點、歷史人文旅游為補充的旅游體系，并以此促進食、住、行、娛、購等相關產業的發展。2008年共有4家星級飯店、5家星級餐館、4家綠色飯店通過驗收，星級飯店達到6家。大力實施品牌戰略，樹立“中國荷都”、“北方水鄉”、“鐵道游擊隊故鄉”的品牌形象，以品牌帶動服務，用服務提升品牌。目前，新增限額以上服務業企業30家，培育省級服務名牌1個。