為應對金融危機，深圳海關因地制宜，積極采取措施落實CEPA零關稅優惠政策，為香港CEPA貨物貿易提供高效的通關服務。這些措施包括：暢通港產零關稅貨物進入內地通道，積極為企業打開內銷通道，在皇崗、文錦渡等較大口岸設立CEPA專門窗口。通過推廣通道自動核放系統，使得香港貨車進口核放時間由原來的20秒縮短到5秒鐘。