2008年年底寧杭、杭甬鐵路客運專線相繼開工建設。今年3月，滬杭鐵路客專也將開工建設，標志著浙江省鐵路建設將迎來建設高峰。杭嘉湖和蕭紹平原，水運發達，航道密布，鐵路的開工建設，給航道行政管理帶來了新的壓力。
    根據設計方案，杭甬客專跨越航道31次，寧杭客專跨越航道16次，滬杭客專跨越航道22次，為了防止鐵路建設影響航道通航，省局航道處多次主動與鐵路設計單位溝通、銜接，要求設計單位按照有關航道通航標準和法律法規，保證航道暢通。針對寧杭客專大跨越京杭運河，杭甬客專斜跨曹娥江航道，敦促建設單位進行通航論證，08年省港航局已經組織了審查。2009年，也已經敦促建設單位對滬杭客專跨越京杭運河二通道、杭平申線、嘉于狹線、乍嘉蘇線等主干航道的橋梁，進行專題論證，以最大限度的保護航道資源。
    根據省政府和省廳要求，今年，該處將要求沿線各地航道管理機構，按照職責分工，既要做好服務工作，又要從嚴把好航政許可關，特別要重視橋梁建設現場巡查，防止鐵路建設影響航道通航。