海口綜合保稅區設立后，將是手續最簡化的海關特殊監管區域。為了進一步降低海口綜合保稅區企業的通關成本，加快資金流轉，提高通關效率，海口海關將按照《中華人民共和國海關保稅港區管理暫行辦法》的有關規定，全方位簡化綜合保稅區貨物進出境手續，實現綜合保稅區與港口之間的聯動。  　　據了解，海口海關對在綜合保稅區內進行保稅倉儲、配送、分撥和加工的貨物，凡屬綜合保稅區和境外之間進出的貨物，實行備案制管理；出口貨物入區即可簽發出口退稅證明；區內貨物可以自由流轉，實行電子報備；對從區內銷往國內的貨物，按實際狀態申報；對在綜合保稅區內從事保稅加工業務的企業，不實行保證金臺帳制度；對區內貨物實行以查代核，實現實時管理和動態服務。