針對臺灣海峽兩岸間水路運輸市場存在的少數企業運營不規范現象，近兩個月來，交通運輸部水運局聯合部海事局先后兩次派出檢查組，赴南京、江陰、張家港、上海、寧波、福州、廈門、廣州和深圳等9個港口，對市場運營情況進行了檢查。 
　　檢查結果表明，大多數港航企業都能認真執行交通運輸部發布的相關規定，從事兩岸貨物運輸。 
　　但是，有個別船公司未經批準，擅自從事兩岸間貨物運輸；有個別船舶代理公司擅自為不具備兩岸間貨物運輸資質的船舶提供代理；少數外國公司不按規定繞航運輸，而是采取“飛單”的形式從事直航運輸。針對這些不規范的行為，近幾個月來交通運輸部先后對6家違規從事兩岸航運業務的公司，依法予以警告、罰款或暫停經營資質的行政處罰。 
　　部水運局表示，將繼續加強兩岸海運市場經營秩序監管，重點加大對未經批準從事兩岸海上運輸和以低于正常、合理運價水平提供服務，妨礙公平競爭等違規行為的查處力度，維護兩岸船公司的合法權益。同時，針對部分航運、港口和船舶代理企業不熟悉有關政策的情況，將加大宣傳培訓的力度，幫助相關從業人員提高業務水平。