衛生部等九部門聯合發布的《關于建立國家基本藥物制度的實施意見》，正式啟動了國家基本藥物制度建設工作并明確推進時間表：到2011年，初步建立國家基本藥物制度，到2020年全面實施規范的、覆蓋城鄉的國家基本藥物制度。
眾所周知，流通環節是造成目前醫院藥價畸高的關鍵因素，也是醫療腐敗和“潛規則”的重災區。而新基本藥物制度的最大特點，就是依靠政府的高度壟斷來把中間環節砍掉。因此，國家基本藥物制度的建立和實施，是從制度建設上對現有醫療衛生體系中商業賄賂和腐敗現象發出挑戰，對于改變目前中國醫療衛生領域高藥價、回扣風盛行等現象將起到積極作用。
從該實施意見來看，醫療衛生機構使用的基本藥物，由省級人民政府指定，按有關規定，實行省級集中網上公開招標采購，再由招標選擇的藥品生產企業、具有現代物流能力的藥品經營企業或具備條件的其他企業統一配送。該制度的基本框架和方向毫無疑問是有力和正確的。但是，魔鬼在細節中。框架性的基本藥物制度依舊存在過程細化的問題，而這些具體的細化舉措也將成為決定基本藥物制度能否真正成為“高價藥殺手”的決定性因素。
首先，由于基本藥物制度采取了目錄制度，節約了不必要的營銷費用，解決了以藥補醫問題。然而，究竟如何對所要采購的基本藥物進行定價，如何進行統一招標和配送，怎樣防止各省出現藥物地方保護主義或者地區壟斷問題？畢竟，一旦出現地方保護主義和地區壟斷，很容易使整個醫療體制改革的利益糾葛更加復雜，難度更大。而且，在統一招標和配送模式下，政府相關部門的權力更大了，尋租機會更多了，醫藥企業可能將突破口從醫院轉變到國家基本藥物采購委員會和各省的醫藥物流企業。如何防止這些環節不被腐蝕？這些都需要我們相關部門拿出足夠的智慧來提前規避可能的風險。
其二，醫療機構在實際執行中，是否會按照基本藥物制度的規定用藥，也是應該關注的問題。對于醫療機構來說，使用國家規定的基本藥物無法自由定價，利潤較薄；而使用具有同樣療效的目錄外藥物，則有很大的利潤空間。因此，從經濟角度分析，醫院更愿意使用目錄外藥品；而即便國家通過財政補貼激勵醫院使用目錄藥，也很可能由于財政補貼返還不到位、手續繁瑣等原因，使醫療機構有突破規定的沖動。而且，作為專業的醫療機構，很多時候可以利用專業所帶來的信息不對稱，規避國家基本藥物制度的強制性。由此可見，如何規范醫療機構用藥，也是考驗制度設計者的難題。
任何一項對既有利益格局造成改變的新制度都會遇到阻力，基本藥物制度的實施肯定也不能避免。這更需要我們在制度實施的過程中，大處著眼，小處著手，做到周密安排、精心組織、把改革任務落到實處，使人民群眾真正得到實惠。