5月12日14時28分，四川汶川發生8級強烈地震。地震發生后，重慶海關黨組立即緊急傳達海關總署和重慶市關于抗震救災的緊急通知，采取多項措施全力以赴支持災區抗震救災。  　　加強抗災組織領導 
　　為加強抗震救災工作，重慶海關專門成立了抗震救災工作領導小組，負責全面指揮、協調、處理涉及抗震救災的重要工作；啟動重慶海關應急預案，做好抗震救災的防范和處置工作。15日、19日、20日重慶海關先后召開黨組會、黨組擴大會學習胡錦濤總書記、溫家寶總理在災區講話精神，及時傳達貫徹重慶市委市政府關于抗震救災的緊急通知，部署抗震救災工作。成立重慶海關抗震救災工作領導小組，設立專門的抗震救災值班崗位，要求把抗震救災工作當成當前最重要和最緊迫的工作，動員全關干部職工積極地投入到抗震救災的多項活動中去。 
　　“特殊黨費”為災區人民獻愛心 
　　災情發生第二天，重慶海關動員全關干部職工開展了“獻愛心，與災區人民心連心”緊急捐助活動，短短一天時間，就收到個人捐款50275元，隨著災情的進一步明確，災區人民的巨大創傷和不幸遭遇不斷牽動著廣大干部職工的心。5月19日，重慶海關全體黨員在原來捐款的基礎上，又以交納“特殊黨費”的形式踴躍捐款，向災區群眾獻上一份愛心。重慶海關一名離休黨員聽說消息后，19日一大早就早早的來到了重慶海關，向黨組織交納“特殊黨費”，重慶海關在外地出差的黨員聽說消息后也立即委托家屬向組織交納“特殊黨費”。重慶海關許多黨員交納了一個月的工資作為“特殊黨費”，有的同志交納了兩個月的工資。重慶海關團員青年也響應機關黨委的號召，以繳納“特殊團費”的形式支援抗震救災。許多群眾包括合同工也積極參與到活動中來，進行了再次捐款。據統計，19日下午，重慶海關機關黨委就收到“特殊黨費”“特殊黨、團費”和再次捐款達102367.06元。兩次個人捐款共計152642.06元。此外，全關干部職工還以各種形式參與到全社會的救助活動中去，近70名干部職工報名參加無償義務獻血，許多同志參加了社會上的捐助活動，一些團員青年積極報名參加青年志愿者隊伍。關員們紛紛表示，只要災區人民需要，海關人隨時都會伸出援手。 
　　“抗震救災綠色通道”保障救災物資及時運抵災區 
　　為保障抗震救災物資迅速運往災區，重慶海關設立救災人員、物資快速驗放通道，由專人24小時檢測、跟蹤通關通道情況，為進出境的救災、醫療隊專家，以及救災物資和載運物資的運輸工具提供通關便利。 
　　5月15日，菲律賓著名華僑陳永栽先生捐贈四川地震災區的500箱純凈水運抵重慶，對此情況，重慶海關特事特辦，立即采用了“先登記放行，后補辦手續”的應急方法，對救災物資便捷通關，物資從飛機降落后20分鐘內便裝運上汽車駛往災區。 
　　地震發生后，受困九寨溝的1000多名臺胞獲救后將乘坐六架次包機由重慶直接返臺。這是重慶首次執行直航臺灣包機。重慶海關設立專用通道，提前3小時開關并采取不間斷通關的模式為臺胞服務，簡化返程臺胞出境手續，增開特別通道，并組成歡送隊伍，扶老攜幼，主動為臺胞排憂解難并給予情緒安撫，體現了兩岸同胞“心連心共抗災害”和“血脈相連濃于水”的親情。5月16日18時20分至17日3時05分，636名臺胞分坐臺灣復興、華航和長榮三個航空公司的直航包機陸續飛離重慶返回臺北。在近9個小時的時間中，重慶海關的關員們始終保持了最優質、熱情的服務，得到臺胞們的高度贊譽。 
　　積極支持災區企業快速通關 
　　地震發生以來，重慶海關全體工作人員24小時堅守崗位，全力保障四川災區和重慶地區進出口通關。 
　　為保障抗震救災物資迅速運往災區，成都雙流機場暫時關閉其他貨物空運出境通道，原定由成都直航出境的快遞貨物受到影響。重慶海關與成都海關協商采取二次轉關方式，將貨物由汽車運輸轉關至重慶出境。成渝兩關通過充分利用關區間互補的優勢，成功解決了因成都空港運力壓力過大導致出境快遞貨物擱淺問題。 
　　自災情發生以來，重慶海關廣大干部職工日以繼夜，加班加點，以24小時不間斷的高效、快捷通關服務先后驗放救災物資五批，救災物品數十件次，救災相關人員和境外媒體十余批五十余人次，臺胞636人。為災區進出口企業排除因地震帶來的通關困難十余起，以實際行動保障了災區企業的正常通關和災后重建，支持了災區抗震救災工作。