盡管近年來藥品連鎖經營在我國得到迅速發展，然而目前盲目連鎖圈地、地方保護嚴重、內部管理不規范等因素日益成為制約藥品連鎖經營健康發展的不良因素。主要問題概括如下：  
　　1.注重規模、形式的連鎖，忽視內在的、規范的連鎖，忽視連鎖經營的基礎建設。  
　　這是藥品連鎖經營隱患最大的問題。20%到30%的高額藥品零售毛利使得藥品零售業已成為醫藥行業各諸侯爭奪的戰略重點。許多企業只關心規模和數量，對連鎖經營的規范化往往只注重外在形式的統一，忽視內在的基礎的建設。很多特許授權一方往往自己還未具備吸引加盟者的能力，反而把加盟作為擴大規模的唯一手段。同時，特許授權者為了壯大實力往往以拉為主，缺乏對加盟者各方面條件的審查，使加盟者魚龍混雜，部分條件不具備的經營者加盟后使企業形象受到損害，甚至低價從其他渠道進貨，使藥品質量監督失控。  
　　2.產權，隸屬關系條塊分割，地方保護主義限制了藥品連鎖經營跨地域發展。  
　　我國原有的行政監督管理體系帶來的多頭管理和利益分割，造成醫藥流通領域條塊分割，地方保護主義嚴重，限制了全國醫藥流通領域統一市場的形成，也限制了藥品零售業的擴張和發展。連鎖經營要求跨地域統一采購，統一配送，統一管理，與行政區劃管理有著天生不相容的特性。  
　　3.企業內部管理水平落后，規模效益不高，地區差異明顯，競爭的主要手段是價格戰。  
　　由于歷史原因，藥品零售業基礎薄弱，布局零散，未形成專業化、規模化、集約化的經營，進入壁壘較低。藥禁解開后，連鎖藥店競爭主要靠價格戰。同時，企業只注重規模的擴張和數量的增加，許多連鎖店是掛上了總部的牌子，而其原來的單體店經營模式改進很少甚至照搬，根本沒有達到連鎖店在進貨、廣告、物流、形象設計等方面的獨特要求和內在規模的統一，而且內部管理分工不明確，協調缺乏科學性，導致管理成本上升，不能發揮連鎖經營的規模化優勢和價格優勢。  
　　目前，從我國藥品連鎖企業總體情況來看，南方開放發達城市的發展較北方城市快，尤其深圳的連鎖藥店發展迅猛且水平較高，以一致、中聯和海王星辰為代表，三家各有特色。在北方主要是以同仁堂藥店、金象大藥房、格威治大藥房為首的一些藥房，醫藥零售業競爭相當激烈。
發展藥品連鎖經營的對策分析  
　　1.連鎖經營的模式選擇要適當。  
　　目前，國際流行的連鎖經營模式有三種：正規連鎖、自由連鎖和特許連鎖。針對我國目前藥品連鎖企業數量多、規模小、市場競爭激烈，并面臨國際知名企業沖擊的情況，藥品流通企業應采用正規連鎖和特許經營相結合的方式，先取得進入市場的通行證，然后通過優化整合，逐步探索適合本企業的經營模式。  
　　（1）總部為老字號，名牌醫藥流通企業。這類企業大多是區域性的連鎖組織，隨著區域限制的取消而逐步走向全國化，有著豐富的藥品連鎖經營的管理經驗，而且在藥品流通中有品牌效應，應該采取特許連鎖方式，同時也要注意加盟店的質量，防止假連鎖和不規范連鎖。  
　　（2）總部為原醫藥批發企業。這類企業的優勢主要在于暢通的進銷渠道，在傳統體制下控制了大量的銷售終端，醫藥批發企業可以帶頭搞自由連鎖方式。各企業相對松散地聯系在一起，利用總部的物流配送來降低成本。  
　　2.建立信息化管理系統是醫藥連鎖企業發展壯大的有效途徑。  
　　只有充分利用電子計算機進行信息化管理，才能真正提高管理效率，降低管理成本，將擴張的規模效應發揮到最大。通過條形碼和收款系統收集信息，跟蹤藥品銷售的動態，從而提高物流配送的效率。  
　　3.整合現有的藥品連鎖經營企業，提高其競爭力，為迎接外資的挑戰做好充分的準備。  
　　連鎖經營的最終目的是取得規模效益，只有達到一定的規模，一定的分店數量才能充分發揮連鎖總部的物流配送優勢，最大限度地降低成本。  
　　4.實現保持統一和有效激勵的充分結合。  
　　保持店面、廣告、物流等方面的統一，是連鎖經營的重要表現形式，提高效率，降低成本才是連鎖經營的價值所在。在總部和分部之間建立一套有效的激勵機制能夠激發員工的工作積極性。  
　　5.降低藥品價格，實現薄利多銷，讓利于消費者。  
　　隨著國家對藥品管理的逐步放開，特別是非處方藥（OTC）的放開，藥品連鎖形式減少中間環節，同時資本大量流入使競爭趨于激烈，藥品的價格下降已經是必然趨勢。面對這種趨勢，藥品連鎖經營企業應該盡快降低藥品價格，讓利于消費者。只有將最終顧客當上帝的企業才是真正有競爭力的企業。  
　　6.連鎖分店的位置應該以便民為原則。  
　　藥品是與人民群眾生活息息相關的商品，它的銷售也應該滿足人民群眾的方便和快捷的需要。藥品連鎖企業藥店店址應盡量選擇在居民區、商業區中，使人們方便購買。  
　　7.提高醫藥銷售人員的醫學知識水平和職業道德。  
　　傳統觀念認為，藥店只是銷售藥品的場所。但是，隨著非處方藥的普及，老百姓已經將藥店當作了小醫院，常常會提出一些與藥品療效有關的問題。因此，藥品連鎖企業必須重視和提高銷售人員的醫學知識水平和職業道德。  
　　隨著對外資的放開，醫藥連鎖經營市場的競爭會越來越激烈，組織結構扁平化，流通速度快，節約成本的連鎖經營模式的優勢將會愈加顯現出來。而在都采用這種模式的眾多醫藥連鎖經營企業中，只有擁有自己的優勢，即國大藥房應重點發展自己的品牌優勢和成本優勢才能在激烈的市場競爭中立于不敗之地。