保稅運輸的主要功能是為了擴大保稅倉庫的利用和保稅貨物的移動。保稅貨物在甲保稅倉庫到乙保稅倉庫或到保稅工廠；在一國的甲港口到乙港口之間，在沒有繳納關稅的情況下移動，通常需經海關批準后加上關封或用其他簡易可行的方法實行監管。保稅儲存和保稅運輸都是保稅制度的重要內容。