經過多年的建設，我國交通運輸總體上基本上能滿足國民經濟發展的需要。但是，在價格管理上仍然存在一些必須高度重視的問題。 　　運價管理亟待統一協調
　　首先，從整體上看，各種運輸方式價格管理和調整機制缺乏統一協調，運價形成機制不銜接。如：水運價格放開由市場調節，公路貨運價格基本上實行市場調節，公路客運基本實行政府指導價，城市公交實行政府定價。由于政府信息系統不健全，負有指導全國價格工作責任的中央政府很難把握地方政府管理價格的實際情況和各地運輸市場的供求變化情況，往往在事實上放任不管。而民航、鐵路實行高度集中的價格管理體制，權限集中于中央，地方政府基本上不能參與民航和鐵路運輸價格制定工作。機制不夠靈活，不能兼顧不同地區市場發育水平和市場供求狀況。
　　其次，政府制定價格缺乏合理的理論依據。據美國經濟學家喬治·斯蒂格勒在上世紀６０年代對美國電力市場監管的考察，政府管制沒有顯著效果。一個很重要的原因就是管制機構不可能有足夠的手段迫使被管制企業在政府特定的產出、價格和成本組合中經營，管制機構達到管制目的的能力值得懷疑。雖然人們普遍認識到壟斷企業不能拿成本說事，但是對于受政府管理的壟斷企業來說，政府制定價格的主要依據依然是成本。困難的問題恰恰在于壟斷企業的成本難以確定，特別是在價格部門對企業成本缺乏監管依據和監管手段的情況下，更是如此。
　　第三，政府對壟斷行業沒有細分，沒有區分壟斷行業的自然壟斷環節和附著在壟斷環節上的非壟斷業務，對同一行業實行相同的管理政策，價格管理與行業發展要求不相適應。
　　運價改革需建合理補償機制
　　根據變化了的形勢，改進運輸行業價格管理應當做到以下幾點：
　　第一，根據運輸業體制改革進展情況，在放松管制的大方向下，根據不同行業特點，綜合考慮運輸成本、供求關系、社會承受能力、消費者習慣以及各種運輸方式間的競爭狀況、替代關系等因素，研究適合行業要求促進行業發展的價格政策。研究價格與投資的關系，研究價格政策在促進行業發展中的作用，對帶有普遍服務性質的運輸體系，明確政府補償與市場補償的范圍，形成與運輸業發展要求相適應的完善的價格補償機制和運輸行業良性發展機制。
　　第二，加強各種運輸方式價格政策的協調與銜接，對已經放開的水運、公路貨運等運輸價格要建立價格監測體系，加強市場監管；對地方政府管理價格的公路貨運、地市交通價格要加強政策指導，協調價格關系；對由中央集中管理的鐵路、民航運輸價格，要加強成本監審，建立成本約束機制和科學的定價體系，提高定價的科學性和透明度。使各種運輸方式形成合理的運價向下浮動。具體措施包括，對貨運回空方向運輸，與高速公路平行已形成競爭路段的客貨運輸，允許鐵路根據市場情況的變化實行下浮運價。２００２年，經公開聽證和國務院批準，出臺了《部分旅客列車票價實行政府指導價執行方案》。允許鐵路運輸企業以鐵道部對外公布的《鐵路旅客票價表》中規定的票價為基準，根據運輸市場供求形勢的變化，按照規定條件，對部分旅客列車票價實行上下浮動。
　　鐵路運價需放松短途運輸管制
　　問題：一是在政企不分的經營管理體制下，鐵路運輸企業一方面因壟斷經營，受到社會各界的批評，另一方面承擔了大量政策性、公益性運輸任務，政府與市場責任劃分不清。二是對鐵路客貨運輸成本缺乏深入研究，存在成本居高不下，經濟效率不高等壟斷性行業的通病。貨運價格人為地劃分為營運價格和基金兩部分，割斷了簡單再生產與擴大再生產的必然聯系；客運票價是歷史上每一時期針對當時的突出矛盾和問題提出不同的調價措施逐步累加形成的補丁價格，缺乏系統的能適應市場變化和鐵路運輸特點的價格調整機制。三是在部分已經與其他運輸方式形成競爭的運輸領域，價格管理權限相對集中，價格形式單一，價格管理體制、形成機制不適應企業經營、市場競爭需要，不能充分反映市場供求關系變化。
　　任務：一是對鐵路客貨運輸成本進行監審，確定合理的成本水平，促進鐵路運輸企業健全成本約束機制。評審結果既可作為合理制定鐵路客貨運輸價格的依據，也為今后鐵路運輸企業逐步成為市場經營主體，合理劃分政府與企業責任創造條件。二是根據實際情況，逐步放松對已經與其他運輸方式形成競爭的短途運輸，旅客運輸中的軟席旅客，以及電子設備、日用百貨等高附加值貨物運輸的直接管制，賦予鐵路運輸企業一定的價格自主權，促進各種運輸方式的合作與競爭，建立統一、競爭、有序的綜合運輸市場。三是結合鐵路經營管理體制改革，研究新體制下鐵路客貨運輸價格體系、形成機制、管理體制等問題。時刻注意研究壟斷行業價格形成機制，并通過日常價格調整逐步向目標靠近。在日常的價格管理工作中，不僅要解決當時面臨的主要矛盾，還要著眼長遠，每一步的調整都要與將來的目標和方向保持一致。
　　民航運價需制定成本審核辦法
　　２０世紀９０年代以來，民航運輸價格進行了從政府嚴格管制到逐步放松管制的反復嘗試。由于近年民航運力投放超過運量增長速度，國內航空運輸市場供大于求矛盾突出，加之國內民航旅客構成出現變化，自費旅客比重逐步提高，對航空運輸價格和服務需求多樣化趨勢日益明顯，民航市場雖屬寡頭結構，但競爭日趨激烈。
　　根據國務院２００２年３月公布的《民航體制改革方案》的要求，國家發展改革委、民航總局充分調查研究，廣泛聽取各方面意見，擬訂了《民航國內航空運輸價格改革方案》，并公開舉行了價格聽證會，提出在加強市場監管、防止惡性競爭的前提下，政府部門由核定航線具體票價的直接管理改為對航空運輸基準價和浮動幅度的間接管理，建立適應社會主義市場經濟體制要求，政府宏觀調控、企業自主有限浮動、反映市場供求變化的航空運輸價格形成機制。
　　結合《民航國內航空運輸價格改革方案》實施工作，還應當開展以下幾個方面工作：一是研究制定民航國內航空運輸價格管理辦法，明確民航、價格部門的職責及航空運輸企業權利、義務，建立相應的監管法規依據；二是研究制定民航國內航空運輸定價成本審核辦法，對民航運輸成本開展合理性審核工作，作為合理制定民航運輸價格和開展市場監管的基本依據，并促進航空運輸企業建立、健全成本約束機制；三是集中開展航空運輸市場整治和監管工作，開通航空運輸市場監管計算機系統，加強民航市場監管。
　　對于收費公路、機場、港口等帶有一定壟斷性的運輸價格管理，對于放開由市場調節的水運價格、公路貨運價格的市場監管，對于由地方政府管理的公路客運價格和城市公交價格管理的政策指導等問題，我們將另文專述。