福州港——國家綜合運輸體系的重要樞紐，是我省對臺“三通”的重要口岸。福州港以發展能源、原材料等大宗物資和集裝箱運輸為主，積極拓展物流、商貿、信息、對臺滾裝和客運等功能，隨著以福州市為中心的綜合運輸網不斷完善，將為浙、贛、湘的部分地區提供運輸服務。

　　松下——福州港主要港區之一，主要為臨港工業和對臺“三通”服務。

　　廈門港——國際航運重要樞紐、國家綜合運輸體系的重要樞紐；是推動兩岸全面“三通”，擴大海峽兩岸經濟技術合作與交流的重要口岸。服務范圍將擴大到贛、湘等其他內陸地區。

　　泉州港——我省沿海地區性重要港口，是對臺“三通”的重要窗口。其發展將以石化等液體散貨、內貿集裝箱運輸為主，積極發展外貿集裝箱支線運輸，拓展物流、商貿、信息、對臺滾裝和客運等功能。服務范圍以泉州市為主，擴展至周邊地市以及贛、湘的部分地區。

　　肖厝——泉州港主要港區之一。主要承擔雜貨、散貨、成品油、原油、煤炭運輸和為對臺“三通”服務。

　　漳州港——福建省沿海地區性重要港口。以石化、能源運輸為主，積極發展外貿集裝箱支線運輸，拓展物流、商貿、信息等功能。服務范圍以漳州市為主，并輻射閩西、粵北的部分地區。

　　寧德港——福建省沿海地區性重要港口。其發展將以能源、原材料和通用散雜運輸為主，同時兼顧部分集裝箱運輸以及對臺交通、陸島交通和旅游客運，服務范圍以寧德為主，并輻射閩北、贛北、浙南部分地區。

　　秀嶼——莆田港主要港區之一。主要為整個莆田地區的煤炭、礦建材料、糧食等大宗散貨和重要物資中轉運輸以及對臺“三通”服務。