為了因應兩岸大三通，福州保稅區規劃在其轄內籌建「『兩馬三通』物流中心」，以期突破目前對臺小額貿易局部、單向的局限，實現兩岸貨物雙向直航，并實現大陸貨物通過保稅區進入馬祖及臺灣本島市場。 
【本報海西新聞中心記者羅施賢福州二十五日電】 
福州保稅區江陰保稅物流園區管委會副主任李平告訴記者，所謂的「兩馬三通」（臺灣稱之為「中三通」），其實就等同于一般性的進出口業務，是指兩岸貨運經由臺灣到馬祖，通過「兩馬」（馬祖與馬尾）海運直航運抵馬尾港，再通過福州保稅區集散分撥到大陸市場的雙向流通的物流方式。 
李平表示，「兩馬三通」物流中心將實現臺灣─馬祖─馬尾保稅區─大陸的雙向貨物直航，從而改變目前「兩馬小三通」的局部、單向等多重限制，為兩岸貨物提供路線最短、成本最低、時間最快的物流服務。李平認為，「兩馬三通」物流中心將突破對臺小額貿易定點、限額的局限，成為臺貨物流配送中心。 
據了解，該物流中心將由海峽兩岸農產品物流中心、兩岸快件包裹分揀中心和臺灣商品展示展銷中心等功能部門組成。屆時，福州保稅區將與馬祖之間雙向貨物流通，貨物可以直接備案進入保稅區內倉儲，以一般貿易方式報關進口后進入大陸市場；大陸的貨物也可通過保稅區進入馬祖，再進入臺灣市場。 
李平表示，保稅區的原有優勢將為該物流中心提供許多便利。比如，在陸臺企生產、生活急需的原輔材料、耗料、機器維修零配件進入區內予以保稅；對「兩馬三通」貿易方式進出的貨物，不實行進出口配額、許可證管理；可建立臺貨展示交易中心，還可按海關有關規定出區辦展；放寬海關對物流中心進出貨物的外匯管制，無需辦理出口收匯核銷和進口付匯核銷；允許人民幣結算、核銷等。 
據悉，馬祖方面已多次赴榕考察調研，并與福州保稅區進行了具體規劃。目前，福州保稅區已責成福州保稅區兩岸貿易有限公司具體負責實施。李平表示，現在只待兩岸兩會簽署的相關協議生效以及「兩馬」地區相關行政部門的批準。