“中國海關的改革，很多都是從深圳海關開始，先在深圳海關實驗成功后，然后逐步推廣。”誠如深圳海關關長鄒志武所言，改革創新是深圳海關的根和靈魂。改革開放三十年來，深圳海關從一個僅有800多人的處級單位發展成為下設機構48個，隊伍將近6000人、全國最繁忙的海關之一，關區內海、陸、空、鐵、郵各類監管業務齊全。中國旅檢改革發軔羅湖橋邊有
　　人曾斷言：“中國的改革是從農村開始的，中國海關的改革是從旅檢開始的，就發軔于羅湖海關。”被譽為“中國旅檢第一關”的羅湖口岸名聞遐邇，年進出境旅客一直占全國各口岸過境總人數的40%以上，日均24萬人次，單日數量最高記錄達34萬人次。
　　改革開放前的每年春節，羅湖口岸前人山人海。那時海關檢查采取的是“人人過篩，件件開包”細查細驗的方式。深圳特區建立后，大批華僑及港澳同胞回國內投資辦廠、探親、訪友，羅湖口岸的旅客迅猛增加，排幾個小時的隊過關已經明顯不能適應形勢的發展。1986年，深圳海關將原“應稅通道”和“免稅通道”改設為“紅色通道”和“綠色通道”，并首先在入境港澳旅客查驗現場試行，隨后擴大至所有旅檢現場。1992年，在羅湖海關試行了“開放式重點查驗方法”，即將“綠色通道”分為“重點查驗通道”和“非重點查驗通道”，“非重點查驗通道”不設技術設備檢查，一般旅客通過時給予放行。
　　據羅湖海關現任關長吳文奎告訴記者，2000年以后，羅湖海關在全國海關旅檢系統率先引入了風險管理理念，成功研發并運用了《旅客通關管理系統》，大大提高了通關效率和監管效能。與改革腳步相伴隨的，是技術設備的不斷更新：自2001年起，羅湖海關在各監管現場逐步更新了行李檢查機，增設了門式金屬探測器，又于2002年引進當今世界最先進的檢查設備，使得查驗環節的技術設備煥然一新，達到國際先進水平。一二線通關大變革回
　　溯至改革開放初期，從1978年到1992年間，在長達260公里的海岸線和與香港接壤的24.5公里的陸地上，深圳已擁有羅湖、文錦渡、皇崗、沙頭角、蛇口、筍崗、大鵬和機場8個海關，海陸空業務齊備。而1984年深圳啟動二線設施，至1992年，二線海關的任務從通道管理逐漸轉變為對寶安、惠東、惠陽、南頭區的加貿業務的管理。改革開放以來，深圳海關作為全國海關業務改革的排頭兵，承擔了很多重大的改革任務。
　　近年來，全面創新監管制度和監管模式，提高深港兩地通關效率：啟動區域通關作業改革，開通了“空港物流快線”，大力推動“泛珠三角”區域通關一體化。同時，夯實監管業務基礎，全面提升監管效能，為通關效率的提高提供有效保障，是深圳海關通關改革中的另一抹“亮色”。2006年，深圳海關重點推動了“建立風險式分類監管通關制度”為主的工作，大大提高了海關管理的現代化水平。
　　深圳海關還致力于加強大通關建設，不斷優化通關軟環境。至2007年，羅湖口岸通關時間延長到晚上24:00，皇崗口岸、深圳灣口岸均已實行24小時通關的模式運作。新口岸建設不斷推進，2007年7月1日，深圳灣口岸順利開通；鏈接深圳福田與皇崗落馬洲支線的福田地鐵口岸也在2007年8月15日開通；深圳西部又一集裝箱大港———大鏟灣海關的開關也在緊鑼密鼓的籌備中。國門鑄就反走私鋼鐵長城1999年1月9日，深圳海關走私犯罪偵查分局作為全國首批成立的緝私分支機構掛牌成立，2003年更名為“深圳海關緝私局”。截至今年5月份，該局共查辦走私案件31642宗,案值184.79億元，涉嫌偷逃稅額約50億元，有力地打擊了關區走私違法犯罪活動，維護了關區進出口貿易秩序，保衛了國家的經濟安全。在打私高壓態勢下，深圳地區的非法貿易受到有效遏制，進出口秩序明顯好轉，廣大企業守法自律意識逐步增強，正常貿易大幅上升。