1978年10月9日，十一屆三中全會前夕，鄧小平同志指示民航：“要用經濟觀點管理”。1980年2月14日，鄧小平同志又指出：“民航一定要企業化”。1980年3月5日，中國民航局從隸屬于空軍改為國務院直屬機構，開始實行企業化管理。1980年，中國民航業只有140架運輸飛機，且多數是20世紀50年代或40年代生產制造的蘇式伊爾14、里二型飛機，載客量100人以上的中大型飛機只有17架，貨機則是空白，機場只有79個。中國民航局仍是政企合一，既是主管民航事務的政府部門，又是以“中國民航（CAAC）”名義直接經營航空運輸、通用航空業務的全國性企業。1987年，中國政府決定對民航業進行以航空公司與機場分設為特征的體制改革，將原民航北京、上海、廣州、西安、成都、沈陽6個地區管理局的航空運輸和通用航空相關業務、資產和人員分離出來，組建了中國國際航空公司、中國東方航空公司、中國南方航空公司、中國西南航空公司、中國西北航空公司、中國北方航空公司6個國家骨干航空公司，實行自主經營、自負盈虧、平等競爭。
　　在組建骨干航空公司的同時，在原民航北京管理局、上海管理局、廣州管理局、成都管理局、西安管理局和沈陽管理局所在地的機場部分基礎上，組建了民航華北、華東、中南、西南、西北和東北六個地區管理局。六個地區管理局既是管理地區民航事務的政府部門，又是企業，領導管理各民航省（區、市）局和機場。1993年，“民航局”升格為“民航總局”，體現了國家對民航的重視。2002年3月，中國政府決定對中國民航業再次進行重組。全民航重組為六大集團公司：中國航空集團公司、東方航空集團公司、南方航空集團公司、中國民航信息集團公司、中國航空油料集團公司、中國航空器材進出口集團公司。成立后的集團公司與民航總局脫鉤，轉由國資委管理。
　　同時，民航總局對機場實行屬地管理按照政企分開、屬地管理的原則，對90個機場進行了屬地化管理改革，民航總局直接管理的機場下放所在省（區、市）管理，相關資產、負債和人員一并劃轉；民航總局與地方政府聯合管理的民用機場和軍民合用機場，屬民航總局管理的資產、負債及相關人員一并劃轉所在省（區、市）管理。首都機場、西藏自治區區內的民用機場繼續由民航總局管理。2004年7月8日，隨著甘肅機場移交地方，機場屬地化管理改革全面完成，也標志著民航體制改革全面完成。
　　中國民航這一輪體制改革，是改革開放以來規模最大的，其廣度和深度都是空前的，是一場深刻的革命，符合政企分開、政事分開、政資分開、打破壟斷、按市場化運作的改革目標，改革方向正確，改革成果顯著。2007年，“民航總局”并入“交通運輸部”，又恢復了“民航局”的稱謂。“民航總局”的級別雖然降了半格，但這是在民航系統徹底完成政企分開，打造全國“大交通”的背景下進行的，也是對中國民航改革的一種肯定。
　　經過30年的持續發展，到2007年，中國航空運輸總周轉量、旅客運輸量和貨郵運輸量分別達到365.3億噸公里、1.86億人次和401.8萬噸，分別比1978年增長122倍、80倍和63倍，年均增長率分別為17.3%、15.7%和14.4%，其中運輸總周轉量的年平均增長速度是同期世界民航增長速度的兩倍以上。中國航空運輸在國際民用航空組織締約國中的排位，按定期航班總周轉量計(不含香港、澳門和臺灣的統計數字)，已由1978年的第37位上升為第2位，中國已成為美國之后的全球第二大民航市場。