三峽蓄水從９月２８日零時開始，至１０月２９日８時，三峽庫區由１４５米抬升至１６２．８５米，新增庫容約９０億立方米，水位抬升近１８米，預計１１月１日三峽壩前水位達到１６４．３９米。三峽水庫呈高水位運行，近６００公里屬深水航道，更加改善了庫區通航環境。 
 　　蓄水不斷抬高，使庫區干流航道擴寬，支流、溪河更加延伸。昭君出寨的秭歸香溪河延伸到３０公里以上水域，航寬達到１５０米至４００米，其寬度、深度能滿足３０００噸級船舶航行條件。但同時水上水下新的礙航物也顯現出來：原有導航參考物被淹，兩岸露出礁石變為暗礁，新的通航環境不熟悉，船舶易發生觸岸、觸礁事故；大橋水域、架空電纜出現凈空高度不夠、原庫區海事部門推薦１５０個停泊區也出現新的變化；漂浮物增多，因蓄水兩岸清庫殘留的樹枝、樹葉、雜草，受大暴雨襲擊沖入庫中；航道變寬后風、浪、霧有所加重，船舶遇險救助難度加大，通航環境變得復雜起來。
　　長江海事針對三峽蓄水、高水位運行出現新的安全隱患，采取三條新舉措：其一，重慶、三峽、宜昌三地海事啟動聯動執法，庫區３４個巡航搜救點實行２４小時監控，社會救助船侍命，發生險情快速救助。其二，對渡口碼頭、沖灘點、停泊區變化情況和大橋水域、架空電纜通航凈空高度及重點岸咀的礙航情況，組織現場勘查，盡快為船舶推薦新的停泊區域，防止新的礙航物。其三，加大現場監控力度，在三峽１７５米蓄水期間，航行三峽庫區的短途客船、渡船一律實行夜間禁航，船長２０米以下客渡船乘客過江強制穿救生衣。對大風大霧應急處置、蓄水后漂浮物增多的應對等方面給予宣傳和提醒。