高速鐵路南京南站和公路南京南站一起，共占地2平方公里左右，建成后將是京滬高鐵全線規模最大的火車站。按照設計方案，南京南站為高架車站，站臺在二樓，候車大廳在三樓，地面一層為換乘廣場，廣場中心區域有地鐵一號線、三號線和六號線的進出站口；廣場南側有一個機場快客停靠帶，高架路連通祿口機場；公路客運南站設在鐵路南京南站的南廣場。在這里可實現鐵路、公交、地鐵、長途客車和機場大巴的“零距離”換乘。 　　有關專家表示，南京南站建成后，除京滬高速鐵路外，還將引入滬漢蓉(上海-南京-合肥-武漢-重慶-成都)鐵路、寧安(南京-蕪湖-安慶)和寧杭(南京-杭州)鐵路，成為華東地區最大的交通樞紐。
　　伴隨著南京南站大交通樞紐的建設，南京古城將明顯向南發展。南京近年來發展的河西新區和江寧區將連成一片。南京城將在古城墻以外的廣大區域快速發展，一個現代化的新區將與古城區一樣成為城市的繁華區。