“十一五”期間，重慶將投資410.3億元發展水運，打造“長江黃金水道”。
　　現狀一：支流航道條件差
　　
　　策略一：投198億元升級改造航道
　　
    在重慶，高等級航道僅占總里程的18.3%，主要支流航道的通航條件仍然很差。目前，長江干線貨運量占總貨運量的80%以上，支流航道作用尚未充分發揮，干支聯動效益也未充分體現。隨著三峽水位的逐步抬升，回水變動區不斷發生變化，影響到嘉陵江口、烏江口航道水深，將逐步制約支流航道作用的發揮。
　　為此，“十一五”期間，重慶將投資198億元用于航道建設。重點完成長江干線重慶段航道整治及航路改革配套設施建設工程，主要有嘉陵江草街、利澤航電樞紐，涪江富金壩航電樞紐，烏江彭水、銀盤、白馬3個水電樞紐的通航設施，嘉陵江草街以下68公里航道治理，烏江白馬以下45公里航道整治，大寧河、小江、梅溪河等三峽庫區主要支流航道整治以及長江小南海、朱楊溪2個水電樞紐的航道設施等項目。
　　現狀二：港口基礎設施滯后
　　策略二：投69.9億元提升擴容碼頭
　　目前，重慶港口仍然存在技術條件差，機械化程度低，裝卸工藝落后，作業效率低的現狀。2006年港口貨運泊位平均吞吐能力只有6萬噸，缺少大型化、機械化、專業化的集裝箱、化危品、滾裝碼頭和大宗散貨的港口碼頭；并且港口功能單一，沒有形成與物流、商貿及臨港工業完善的配套設施；低水平普通客運碼頭能力過剩，高檔次旅游客運碼頭能力不足，不能適應三峽旅游發展需要。
　　在此背景下，重慶擬投資69.9億元進行港口建設，新增貨運泊位102個，新增貨運年通過能力8016萬噸。重點推進寸灘二期、萬州江南、長壽重鋼新廠區碼頭、長江三線主要旅游景點的旅游客運碼頭等35個港口項目。
　　現狀三：船舶運力失衡
　　策略三：71.6億元打造標準化船舶
  
　　目前，重慶船舶運力結構表現不合理。全市共有運輸船舶4200余艘，標準化船舶數量卻不到20%。大型化、標準化、專業化的節能型環保船舶比重較小，滿足新型運輸方式的船舶亟待發展。
　　為此，重慶“十一五”計劃完成投資71.6億元。淘汰500噸以下，船齡20年以上，能耗高、污染重、安全性等低的老舊運輸船舶300余艘。到2010年，全市貨運船舶總運力達到500萬載重噸，船舶平均噸位達到1200載重噸以上，長江干線跨省貨運船舶平均噸位達到1500載重噸以上；船舶標準化運力率達90%以上，客渡船標準率達到100%。
　　現狀四：船舶污染嚴重
　　策略四：投4.3億元實現船舶達標排放
　　在庫區，船舶污染問題日益突出。航行于重慶水域的船舶每年產生的生活污水約有1800萬噸直排入長江。三峽成庫后，由于水流變緩，水體的自凈能力大大降低，加劇了庫區水污染。據悉，目前只有200艘大型船舶安裝了污水處理裝置。
　　船舶污染治理方面，重慶將投入4.3億元。全面啟動船舶生活、生產污染等流動污染源治理。新建船舶100%實現達標排放，對現有的老舊船舶通過技術改造，在2010年前全面達標排放；在主城、涪陵、萬州港區布局建設化學品船舶洗艙基地，2010年基本建成船舶污染防控體系。
　　現狀五：航行安全待保障
  
　　策略五：投6.5億元建支持保障系統
　　庫區蓄水后，給水域的航行帶來了新的困難。其中，重點航區的航行標志因水域的變化，必須加以調整。
　　在這方面，將投資約6.5億元。重點建設三峽庫區及主要支流嘉陵江、烏江、大寧河等重點航區的航行標志，警示標志、信號標志、船岸通信等助航設施；建成重慶市水上安全管理、監控調度和救助指揮綜合平臺；建成水上應急搜救系統、船舶交通管理系統、航運信息系統和船舶防污染系統。到2010年，實現航運管理電子化，航運服務網絡化。
　　現狀六：船舶工業發展滯緩
　　策略六：50億元扶植領頭企業
　　重慶的船舶制造業有著得天獨厚的優勢。但始終存在規模小、檔次低的現狀，很少形成大氣候。重慶長航東風船舶工業公司是規模化較大的造船企業之一，卻同樣存在著因技能相對落后而失去訂單的現象。
　　為做大做強船舶工業，重慶將投資約50億元重點扶持骨干船舶工業企業。在主城區-涪陵區-萬州區-忠縣的長江沿岸規劃建設4-5個造船工業基地，增擴建中小型專用船舶船塢，并建設船舶配套工業基地。計劃到2010年，造船工業及其關聯產品實現銷售產值300億元，出口交貨值2億美元以上。形成各類船舶80萬載重噸以上生產能力。
　　現狀七：市民出行成難題
　　策略七：10億元暢通庫區交通
　　三峽工程蓄水后，庫區水位抬高，河面加寬，河汊延伸，溝壑變成河流，淹沒了沿江鄉鎮的部分港口碼頭、公路、橋梁和人行道，影響了庫周人民群眾出行。據2004年的一項統計，重慶庫區8區縣中共有126個鄉鎮、553個村組、44萬人的出行受到影響，人民群眾出行難的地方多達878處。
　　針對這一實際問題，重慶擬投資10億元加快庫區周邊交通建設。到2010年，新建、改建、改造渡船535艘、渡口1070座，公路3086公里，橋梁444座，基本解決約180個鄉鎮、770個村組、65萬群眾日常農耕生產生活和學生上學問題。