"清單預錄入"包括三個部分：出口清單錄入，進口清單錄入，清單查詢。
加工貿易企業在脫機版中錄入清單數據，并可對清單狀態進行查詢。
企業在錄入清單之前，必須在聯機版"數據交換"模塊中的"手冊下載"，下載本企業的手冊、帳冊數據到本地。錄入完成的清單保存在本地數據庫中，待申報。
加工貿易企業在"清單查詢"模塊中，可以對所有自己錄入的、已申報或未申報的清單進行查詢。
二 平文件導入
部分聯網加工貿易企業已有成熟的錄入系統，為滿足雙方需求，系統另設置了一個平文件作為雙方數據交換的中介。
聯網企業將錄入已有系統的數據按照既定格式導出到平文件中，然后在公路口岸預錄入界面點擊"導入"，就將這些數據導入到電子口岸的"清單預錄入"系統中。雙方以此完成了數據交換，而免去了兩次的錄入。
三 數據交換
數據申報包括：手冊下載、清單申報。
手冊下載提供給加工貿易企業下載手冊、帳冊數據的功能。
加工貿易企業完成清單錄入后，登錄電子口岸，在線申報清單數據。
電子口岸對數據進行邏輯校驗通過后，發送到海關進行二次校驗，海關校驗通過后，即發送審結回執給加工貿易企業。此時，企業才可以進行下一步的貨運委托的操作。
四 貨運委托
貨運委托提供了加工貿易企業將清單委托給運輸公司的功能。
加工貿易企業申報的清單經海關審結通過后，進入到"貨運委托"進行貨運的委托。界面列表顯示所有海關已審結而未委托的清單。加工貿易企業選擇要委托的清單，并指定運輸公司（經海關備案），執行申報。
貨運委托申報到電子口岸，口岸邏輯檢查無誤通過，即完成"貨運委托"的申報。此過程海關并不參與校驗。
五 取消委托
加工貿易企業可以對已經施行了委托但運輸公司尚未進行承運確認的清單進行"取消委托"的操作。
加工企業憑卡進入到"取消委托"界面，系統自動讀取卡的相關數據，并列表顯?"已經委托給運輸公司、但運輸公司尚未對確認關系予以申報"的清單。企業選擇要取消委托的清單，執行"取消委托"命令，即完成操作。
"取消委托"同樣只報電子口岸通過，海關并不參與。
六 承運確認
運輸公司通過"承運確認"來確認與加工貿易企業的承運關系，關系的最終有效成立需要得到海關的審結。
當運輸公司憑卡登錄到電子口岸公路口岸系統，進入到"承運確認"后，系統自動識別IC卡信息，并列表顯示所有委托給該運輸企業的清單。運輸企業參考清單安排指定車輛，并申報至海關，海關審結后，就確定了清單與運輸工具的承運關系。
該承運關系有效期為5天。5天內，運輸工具到達海關現場，系統通過電子車牌讀取運輸工具及其捆綁的清單信息，通過則自動放行。超過有效期，則此承運關系自動解除。
七 解除捆綁
除系統自動解除捆綁關系外，在特殊情況下，承運人也可自主要求解除捆綁關系。"解除捆綁"就提供給承運人這樣的功能。
承運人要解除海關已審結的捆綁關系，必須在"解除捆綁"中發出請求，報海關審核。
八 回執查詢
回執查詢分別提供給加工企業查詢清單狀態、運輸企業查詢運輸工具狀態的功能。
企業可按狀態查詢，也可按清單號、運輸工具編號進行查詢。
通過查詢，企業可以得知清單或運輸工具的最新狀態，以便繼續下一步的工作。
