當前，中國物流企業發展中的最大問題是還沒有形成一種有利于培養做強做大物流企業的環境。中國自己大物流企業很少，“小、散、差”的現象還比較嚴重，無法滿足市場對物流的需求，國際競爭力不強。從國家政策到社會環境都還有一些不適應大物流企業發展的地方。同時新的問題不斷出現也打亂了物流快速發展的步伐。
    問題一：我國一些大型國有物流企業在長期的歷史發展過程中，逐漸培育出有“中國”二字的知名商標品牌，像中國外運，但商標局根據《商標法》不給予商標注冊，但在香港，在國外可以注冊“中國”二字的商標。這就造成一旦商標遭受侵犯，卻得不到法律保護，造成國有品牌的流失。
    問題二：隨著國外物流巨頭進入中國市場，對國內物流企業的兼并收購也越演越烈。國家對具有關鍵性、戰略性的物流資源，如港口、船隊等沒有法律保護措施，很難限制國外物流巨頭控制國內物流市場，但我國的大企業到國外搞兼并收購卻諸多受到限制。
    問題三：在一些地方物流園區的招商引資中，地方為了自身的利益，在納稅、土地等方面往往給予國外物流企業高于國內物流企業的優惠待遇，這對國內物流企業很不公平，不利于國內物流企業的發展。
    問題四：大的現代物流企業必須實行高度一體化經營，集中簽署合同，在全國修建成千上萬個操作點，提供倉儲管理、銷售服務、貨物監管等服務，通過網絡化運營和規模取得效益。但是，根據目前工商管理部門的規定，各地做業務必須設立獨立的法人公司或獨立的經營分公司，分公司以下不能設任何機構。這樣在一個城市的幾個區域有業務，就要設幾個分公司或法人公司，在全國有上萬個操作點，就要設立上萬個分公司或法人公司。既不經濟，也不現實。這種規定限制了大企業發展，其結果將導致到處是“小公司”，形成不了大企業集團應有的規模經濟效應。
    問題五：按現行營業稅稅率規定：運輸、裝卸、搬運這三類企業的營業稅稅率為3%，倉儲、配送、代理這三類企業的營業稅稅率為5%，各環節稅率不統一。現代物流企業是靠為客戶提供整體優化物流方案，通過對運輸、裝卸、倉儲配送、代理等服務的整合，為客戶節省總的物流成本來獲取服務收入。由于目前沒有統一的物流產業管理辦法和“物流稅率”，運輸、倉儲等各單項業務稅率不同，抵扣稅費政策也不同，物流企業就要與客戶分別簽署各項業務合同，分別收費和開具發票，這樣做根本不符合物流企業業務的客觀實際需要，給全程物流作業帶來了障礙，限制了現代物流企業的真正發展。