不過，也有一些問題接踵而來。典型的如不久前有媒體報道稱，大連一位果農看準互聯網商機，上網銷售自家及周邊農戶的蘋果，很快成了當地知名的水果經紀人。農戶想賣水果找他，企業前來收水果找他，而他也樂于在網上發布一些消息，尋找可能合作的買家。不過，這個知名賣家雖然在網上做得風生水起，卻被物流瓶頸所困。按他的話講，“物流太麻煩了，快遞公司在我們這兒還沒有設代理點，每一次出貨，我都要聯系快遞公司，請他們派車來裝貨。”
事實上，類似這樣的現狀并非少數。電商下鄉以后，受到農民的熱烈擁護，但接下來是東西掛在了網上，卻難出小村莊，究其原因，物流是一大瓶頸。想在農村發展電商，目前配送成本很高，特別是在一些海拔較高的地區，成本高過城市數倍，還沒有效率。另外就是鄉村物流多以收發農產品為主，一些季節性較強的生鮮產品又往往對物流配送有著更為嚴苛的要求，再加上返程空載嚴重，這又抬高了物流成本，于是，很多物流公司不愿意涉足村鎮快遞網點建設。
物流保障是促進農村電商發展的必要條件，眼下當務之急是加快農村物流快遞基礎設施建設，加快農村快遞網點布局，擴大服務覆蓋面，提高配送效率。一方面，政府有關部門應該重視包括通信、物流、包裝加工等在內的產業鏈建設，另一方面，對于電商企業來說，物流的覆蓋是市場拓展的基本保證，更是決勝農村市場的關鍵。盡管目前京東、蘇寧等電商巨頭已經涉足農村市場，如蘇寧目前已在全國各地開設超過1000家的蘇寧易購服務站，發展了數以萬計的農村聯絡員，然對于全國來說畢竟是鳳毛麟角。期望更多的物流企業、電商企業加入到農村物流平臺建設之中，同時通過龍頭企業、農民專業合作社的帶動和引領，推動農村電商的快速發展。
