自2013年開始的大規模清理和規范水上涉企收費，使目前涉及交通運輸部職責的中央行政事業性收費僅保留4項。 　　2013年以來，交通運輸部開始大規模清理和規范水上涉企收費。一方面為加快轉變政府職能，減少行政審批事項，提升部門服務水平，向市場放權、為企業松綁；另一方面也為調整安全監管模式，優化管理流程，優化服務，優化市場環境，減輕航運企業負擔，幫助航運企業走出市場低迷困境。
　　清理規范水上涉企收費
　　2013年8月29日，交通運輸部召開專題新聞發布會，通報清理規范水上涉企收費工作情況。據介紹，此次專項清理規范工作涉及的收費項目主要有三大類。
　　一是行政事業性收費，由航運、港口、航道行政管理部門和海事部門征收。在此次清理規范工作中，共取消和免征7類行政事業性收費中的10個具體項目，即船舶證明簽證費、油污水化驗費、海事調解費、浮油回收費、海岸電臺無線電電報電話費（含船舶電信業務岸臺費）、船舶申請安全檢查復查費、船舶進出沿海港口護航費用、船舶進出長江護航費用、LNG船舶進出港口護航費用等。
　　二是監管服務性收費，指航運企業、營運船舶為了滿足水上安全監管和防污染國際公約、法律法規要求，向非政府第三方購買服務而支付的費用。此次專項清理規范工作中共取消或暫停收取4項監管服務性收費，即免除貨物托運人或代理人承擔的集裝箱開箱查驗過程中的取樣送檢費用，取消船舶供受油作業布設圍油欄規定，暫停執行國際航行船舶駛離中國港口前船上污染物清理規定，暫停執行內貿運輸煤炭物理性質檢測的規定。
　　三是經營服務性收費，主要是指港口企業根據《中華人民共和國港口收費規則》向航運企業、營運船舶及貨物收取的費用。在此次專項清理規范工作中，一是出臺《推進陽光引航提升服務水平工作方案》，規范引航收費，提高港口引航服務水平；二是規范船舶交易服務機構收費，將船舶交易服務費與船舶交易價格脫鉤，改為按次定額收費，同時對航運企業所屬全資或控股子公司之間因船舶資產劃撥涉及所有權變更的船舶，以及對企業兼并重組涉及所有權變更的船舶，免于進場交易；三是加強船舶代理市場監管，加大監督檢查力度，杜絕內貿船舶強制代理問題；四是研究調整港口經營性收費問題，與國家發改委共同啟動港口收費調研工作，積極理順港口費收關系。
　　壓減行政事業性收費
　　交通運輸部在會同國家發改委、財政部開展調研的基礎上，研究提出取消有關水上涉企行政事業性收費的建議措施。8月17日，財政部會同國家發改委印發通知，決定自10月1日起，取消船舶港務費、特種船舶和水上水下工程護航費、船舶臨時登記費、船舶煙囪標志或公司旗注冊費、船舶更名或船籍港變更費、船舶國籍證書費、廢鋼船登記費等7項中央級設立的行政事業性收費。
　　據測算，取消船舶港務費，每年將減輕企業負擔54億元；取消特種船舶和水上水下工程護航費，每年減負4800萬元；規范簡化合并船舶登記費，取消船舶登記費中的臨時登記費、煙囪標志或公司旗注冊費、船籍港變更費、國籍證書費和廢鋼船登記費等5項，每年減負300萬元。
　　目前，涉及交通運輸部職責的中央行政事業性收費僅保留4項。這4項中，長江干線引航費、船舶及船用產品設施檢驗費、船舶登記費等3項是體現國家主權、按照國際慣例和對等原則收取的行政事業性收費；考試考務費是向特定服務對象收取的費用。