上海自貿(mào)區(qū)建設(shè)對從事服務(wù)貿(mào)易的企業(yè)和金融機構(gòu)的影響較大，航空、航運和物流企業(yè)也會直接受益。由于實行“負面清單”管理和國民待遇，自貿(mào)區(qū)對外資企業(yè)也很有吸引力，對區(qū)內(nèi)和周邊基礎(chǔ)建設(shè)和航空物流拉動也會比較明顯。 
　　上海自貿(mào)區(qū)是中國內(nèi)地規(guī)模最大、實力最強的保稅區(qū)，其運輸量、利稅等經(jīng)濟指標大于國內(nèi)其他14個保稅區(qū)的總和。據(jù)悉，外高橋物流基地建設(shè)采取兩翼展開、全面推進的方略。北區(qū)，依托外高橋港區(qū)，以發(fā)展海運物流為主，擴建方圓1.2平方公里的現(xiàn)代國際物流園區(qū)，為中外物流企業(yè)提供一個集裝箱快速集并、中轉(zhuǎn)、分揀、分送的全方位的高效服務(wù)平臺；南區(qū)，以園區(qū)跨國公司高科技產(chǎn)品出口加工業(yè)為支撐，依托浦東國際機場，發(fā)展空運物流。
　　然而，目前上海自貿(mào)區(qū)在航空物流方面還存在許多問題。首先是航空物流業(yè)務(wù)需求量小，尚未達到規(guī)模效益的要求。其次，航空物流服務(wù)的水平還需要進一步提高。再其次，自貿(mào)區(qū)內(nèi)外的航空物流網(wǎng)絡(luò)缺乏有效銜接。最后，自貿(mào)區(qū)內(nèi)的設(shè)施條件仍不能滿足國際航空物流發(fā)展的需要。比如，現(xiàn)代航空物流業(yè)要求的具有完善物流信息平臺的綜合物流系統(tǒng)還沒有形成。
　　目前，由于有關(guān)部門對上海自貿(mào)區(qū)的認識以及政策條文的理解不完全一致，自貿(mào)區(qū)的政策優(yōu)勢實際上并未得到充分落實，這必然會影響到上海自貿(mào)區(qū)航空物流的發(fā)展。此外，航空物流運作涉及到交通運輸、郵電通信、商業(yè)物資和對外貿(mào)易等若干個行業(yè)部門，自貿(mào)區(qū)的運作還涉及到海關(guān)和上海自貿(mào)區(qū)的管理部門。由于管理體制改革的滯后，部門分割、條塊分割、政企不分的狀況依然存在，適應(yīng)物流業(yè)發(fā)展的管理體制尚未建立起來，航空物流業(yè)的發(fā)展受到制約。
　　總的來說，上海自貿(mào)區(qū)海關(guān)監(jiān)管制度建設(shè)還相對滯后。海關(guān)管理法制建設(shè)不健全，海關(guān)通關(guān)效率不高。對一般貿(mào)易進口貨物的驗放，海關(guān)的現(xiàn)行做法是先稅后放，申報、查驗、征稅等手續(xù)都在口岸現(xiàn)場完成，大量貨物進出口影響了口岸通過，形成了“口岸瓶頸”。
　　上海自貿(mào)區(qū)如要進一步發(fā)展航空物流，就必須構(gòu)筑和完善以多式聯(lián)運體系為核心的國際航空物流，建立國際航空物流信息交易系統(tǒng)。隨著國際航空物流信息化趨勢的推進，保稅區(qū)要加快建立國際物流信息交易系統(tǒng)，確保全天候地與國際互聯(lián)網(wǎng)溝通，以滿足國際航空物流運作的需要。
　　此外，上海自貿(mào)區(qū)還應(yīng)鼓勵保稅區(qū)內(nèi)航空物流企業(yè)發(fā)展第三方物流。第三方物流是物流服務(wù)供給方在特定的時間段內(nèi)，按特定的價格向需求方提供個性化系列物流服務(wù)的交易方式。這種物流服務(wù)是建立在現(xiàn)代電子信息技術(shù)基礎(chǔ)上的。物流活動和配送工作由專業(yè)的物流公司或儲運公司來完成。由于不參與商品的買賣，只提供專門的物流服務(wù)，因而能夠有效提高航空運輸?shù)倪\行效率。
　　上海自貿(mào)區(qū)還應(yīng)充分發(fā)揮自貿(mào)區(qū)管委會作用，積極發(fā)展第四方航空物流，并全面實施環(huán)保航空物流管理，進一步營造寬松的政策環(huán)境。同時，引進和培養(yǎng)優(yōu)秀的航空物流管理人才。