在決定將總部遷回東莞的同時，南方物流還計劃在莞設立電子商務配送中心。實際上，這也正是南方物流作出總部回遷決定的重要背景。 
　　在2000年前后將總部遷往廣州之后，實際上東莞仍是南方物流體系中的市場中心，而本次將行政中心遷回東莞，讓兩大中心集中起來，正是南方物流發力電子商務配送業務的第一步。
　　在陳少鵬看來，電子商務配送不僅是南方物流未來發展的方向，也是整個物流業今后的大勢所趨。而通過幾年來與亞馬遜的合作，南方物流也積累了足夠的經驗。
　　“電子商務面臨著物流、信用、支付三大難題。”陳少鵬說，南方物流希望克隆亞馬遜的物流模式，通過建立供應鏈管理的體系，從物流環節出發，通過電子標簽、整體監控、信息管理等方式，提升整個電子商務交易中大部分環節的誠信度，減少誠信問題的發生頻率。為此，南方物流計劃建立全自動倉儲，直接連接制造商與終端消費者�！斑@是集團接下來的一個重點，要形成輻射整個珠三角的電子商務配送中心。”陳少鵬說，電子商務配送中心的業務上馬之后，南方物流在東莞的員工或達到1000人以上。