2012年3月6日上午，洋山保稅港區“保稅船舶登記”啟動儀式在上海舉行，洋山保稅港區成為全國首個開展“保稅船舶登記”的試點區域。這也是我國第一次在海關特殊監管區域設立船舶登記機構。 
　　此前，由于國外船舶登記成本低(船舶進口稅在船價中占很大比例)、又能享受退稅等優惠政策，中資國際航運船舶大都選擇在國外登記，存在不掛“五星紅旗”、而掛“方便旗”的現象。“這部分占實際上屬于中國的船舶的60%多  ，真正掛中國國旗的船舶只有30%多”。上海海事大學教授宗蓓華介紹 。 
　　船舶在國外登記，其后續服務如驗船、維修等收益中國就拿不到。更重要的是，宗蓓華強調，由于船舶不掛中國旗，中國船隊規模受到影響，在國際海事事務方面話語權也受到影響。“保稅船舶登記”政策的推出，將有力吸引這些船舶“回歸”，也將吸引更多的國外船舶到中國登記。 
　　這是上海綜合保稅區近年來推出的諸多功能創新之一。管委會副主任簡大年告訴《上海國資》，截至目前，已經有融資租賃、期貨保稅交割、國際貿易結算中心等許多功能創新正在先行先試。 
　　功能創新 
　　為了提高航運資源配置與高端航運服務能力，上海綜合保稅區于2010年6月正式啟動融資租賃業務。近期，在單機單船項目公司(SPV)項目全面啟動的基礎上，將業務領域從飛機、船舶拓展至大型海洋工程、成套重裝備、軌道運輸設備等租賃領域。截至目前，上海綜合保稅區累計已引進4個融資租賃母公司和11個單機單船項目子公司，租賃資產規模超過10億美元。 
　　2010年12月24日，上海綜合保稅區開始期貨保稅交割業務試點。日前，洋山保稅港區剛剛完成了期貨保稅倉單質押第一單。這是國內保稅貨物首次獲批通過質押形式實現融資功能。 
　　期貨保稅倉單質押是由銀行出具相當于質押貨物進口稅款的保函，通過這種融資方式，企業可以在貨物尚未完稅前即可質押融資，從而提高企業資金利用效率。 
　　目前，上海江銅國際物流有限公司等3家經海關備案的試點企業，已分別成功通過中國銀行上海分行獲取首批期貨保稅標準倉單質押融資，首批業務總融資額達145億元。 
　　作為國內率先試點地區，目前洋山保稅港區已走通從倉單生成、倉單質押，到期交割、期轉現交割、倉單注銷、報關出口和轉口出境等期貨保稅交割業務的7大環節，從而促進了更多的大宗商品企業和交易集聚上海。2012年一季度，通過上海綜合保稅區進出口的銅達到了40萬噸，同比增長30%，新注冊的大宗商品企業累計達到24家，注冊資本近10億元。 
　　簡大年表示，下一步管委會將根據企業的實際需求，圍繞深化推進期貨保稅交割試點和大宗商品產業發展，重點做好五項工作：一是推動期貨保稅交割業務從試點走向常態化運作；二是樹立大宗商品作為洋山保稅港區重點支柱產業的地位；三是繼續推動大宗商品在洋山保稅港區的規模化運作；四是探索啟動居民企業外幣離岸賬戶操作試點；五是探索研究洋山的價格信號功能。 
　　三區聯動 
　　可以說，上海綜合保稅區本身就是政策功能不斷創新的產物。 
　　作為我國第一個保稅區、第一個保稅物流區、第一個保稅港區的誕生地，上海一直在對保稅區進行著政策功能上的創新突破。 
　　上海最早的保稅區是在浦東開發開放大潮中，于1990年6月成立的外高橋(8.45,0.00,0.00%)保稅區，亦是中國第一個保稅區。在10平方公里范圍內封關運行，實行特殊的海關監管和稅收、外匯政策，擁有國際貿易、倉儲物流、保稅加工、商品展示等功能，還可以部分開展海鐵聯運業務和集裝箱拆拼箱業務。但這一保稅區設置在港區之外，且沒有出口退稅功能，不具有出口加工區的政策功能。 
　　出口加工區是另一種特殊監管區域，具有保稅加工功能，貨物自境內區外進入區內即可辦理退稅。主要為出口加工服務，不得經營商業零售、一般貿易、轉口貿易及其他與加工區無關的業務。 
　　用中國保稅區出口協會副秘書長焦建群的話來加以概括，其特點就是，保稅區是“由外到外”；出口加工區是“由內而外”。 
　　正因為外高橋保稅區起步的時候，沒有出口加工區的政策功能，才拉動了外貿企業的大量集聚，形成了醫療器械、紅酒、工程器械等專業化貿易平臺，并多年保持了進出口貿易額國內保稅區第一的地位。 
　　當然，這在一定程度上也限制了內貿和物流產業的發展。為此，經國務院特批后，2004年4月15日，外高橋保稅物流園區在外高橋港區應運而生。保稅物流園區實行保稅區及出口加工區疊加政策，因而具有了國際貿易、國際中轉、保稅倉儲等功能，并與相距3公里的外高橋保稅區比肩為鄰，形成互為呼應之勢。 
　　2005年12月25日，遠東第一大港——洋山深水港啟用，洋山保稅港區同時封關運作，這是中國第一個保稅港區，功能最為全面。它綜合了前兩種保稅區域的所有功能，并實現區港合一，還擁有外高橋保稅區和保稅物流園區均不具備的口岸功能。 
　　2010年9月，浦東機場綜合保稅區宣告成立，這是設立在內陸地區的具有保稅港區功能的海關特殊監管區域。至此，上海浦東沿海100多公里的黃金岸線上，依托外高橋港、洋山港以及該地區的浦東國際機場，呈現了三大不同類型的保稅區。雖然各有其功能優勢，但區域政策仍然不能互通。 
　　為此，在建設國際航運中心的大背景下，南匯并入浦東新區版圖以后，上海開始正式推動各保稅區域的整合。2009年11月18日，整合了外高橋保稅區(含外高橋物流園區)、洋山保稅港區的上海綜合保稅區正式成立。2010年9月新成立的浦東機場綜合保稅區并入后，最終形成了“三區聯動”的局面，由上海綜合保稅區管理委員會統一管理。 
　　對于此次整合，焦建群的評價是“國內最成功的”。 整合后的上海綜合保稅區，集聚了保稅區、保稅物流園區、出口加工區、保稅港區、綜合保稅區等五種類型海關特殊監管區域的政策優勢，在海關監管、外匯管理、檢驗檢疫等進出口管理上基本達到了國內最為齊全、最為便捷和最為開放的程度。“通過整合，讓原來不能完全享受保稅優惠政策的區域享受到了政策”。 
　　焦建群認為，上海的整合之所以能夠成功，還有一個重要因素，就是擁有上海市斥資建設的電子口岸平臺。該平臺是2005年在“大通關”背景下建立的，通過啟動“統一平臺、區域聯動、選擇申報、多點放行”改革試點，探索實施了“便捷通關”、“無紙通關”、“快速通關”、“分類通關”等通關模式，口岸通關效率大大提高。 
　　“上海是各種政策運用最好的區域。其他很多地區都停留在要政策階段，上海則是根據地區發展需求開發功能，不是需要給政策而是需要配政策”。 
　　航運中心核心區 
　　通過“三區聯動”，上海綜合保稅區實現了政策、資源、產業和功能的聯動互補，集聚效應大大增強。2008年，整個區域進出口總額為626億美元，而2011年完成進出口總額為950億美元，實現了大幅增長。 
　　更為重要的是，整合之后的上海綜合保稅區進一步厘清了自己的定位，那就是成為國際航運中心的核心區域、國際貿易中心的重要載體、國際金融中心的重要突破點。 
　　2009年4月，國務院正式發布《國務院關于推進上海加快發展現代服務業和先進制造業建設國際金融中心和航運中心的意見》，明確提出，到2020年上海要基本建成具有全球航運資源配置能力的國際航運中心。同時希望上海探索建立“國際航運發展綜合試驗區”。 
　　在《上海國資》的采訪中，有關專家學者一致表示，建設一個真正的國際航運中心，需要硬件、軟件兼備。 
　　上海國際航運研究中心秘書長真虹認為，硬件方面，與紐約、倫敦等世界航運中心相比，上海的差距在不斷縮小。2005年上海港就以4.5億噸的總吞吐量超越新加坡，成為世界上吞吐量最大的港口。2005年12月洋山深水港建成開港以來，更加鞏固了這一地位。目前上海已贏得了貨物吞吐量和集裝箱運量兩項世界第一，其中貨物吞吐量是連續6年排名世界第一。但在軟環境和現代航運服務業方面，則還存在較大差距。當前上海市航運業及其相關產業仍然集中在船舶運輸業和港口及水上運輸輔助業，航運金融、船舶保險、海事仲裁和航運信息咨詢服務等現代航運服務業還欠發達，國際化程度較低。 
　　《上海國資》采訪的眾多專家認為，國際航運中心軟環境主要包括稅收制度、海關監管制度、金融監管制度、政府管理制度及相關法律法規等幾個方面。 
　　宗蓓華告訴《上海國資》，上海要在2020年基本建成國際航運中心，必須使海關、金融、政府等管理服務變得有競爭力。 
　　在她看來，“軟環境”的改善，關鍵在于航運政策和管理制度的突破和創新，這是“國際航運發展綜合試驗區”的主要功能之一。 
　　根據國務院《意見》，“試驗區”是航運政策和制度創新的、先行先試的示范基地，是我國航運政策和制度創新的“實驗室”和“孵化地”。 
　　“目前試驗區是一種開放政策區域，并且是全國唯一。”宗蓓華表示，“尤其是中國稅收、金融等諸多方面存在制度綁定因素的條件下，這一區域的存在，有利于促進上海國際航運中心建設的突破。”據她介紹，目前該“實驗區”的許多先行先試功能，大都通過上海綜合保稅區實現。相比保稅區、保稅港區和綜合保稅區，以后試驗區的開放度會更大一些。 
　　據簡大年介紹，根據“三區”原來的功能優勢，上海綜合保稅區各區域定位各有側重。洋山保稅港區重點建設國際航運綜合實驗區，大力發展國際中轉、現代物流、商品展示、倉儲租賃、期貨交割等多層次業務；外高橋保稅區重點建設國際貿易示范區，大力發展進出口貿易、轉口貿易、保稅展示、倉儲分撥等服務貿易功能；浦東機場綜合保稅區重點建設航空功能服務先導區，大力發展航空口岸物流、貿易和金融服務等功能。他表示，上海綜合保稅區將不斷先行先試、創新功能，最終謀求向“自由貿易園區”轉型升級。 
　　距“自由貿易園區”有多遠 
　　實際上，上海綜合保稅區自誕生之日起，就成為帶有“自由貿易園區”基因的“試驗田”。所謂自由貿易區，是指國家內部某種類似自由港的經濟特區，而自由港則是指全部或絕大多數外國商品可以免稅進出的港口。據宗蓓華介紹，目前世界集裝箱港口中轉量排名靠前的新加坡港、中國香港，均實施自由港政策，吸引了大量集裝箱前往中轉。自由貿易區除了具有自由港的大部分特點外，還可以吸引外資辦廠，發展出口加工企業，允許和鼓勵外資設立大的商業企業、金融機構等。 
　　從定義上說，真正的自由貿易區，是指設在國家與地區境內、海關管理關卡之外(境內關外)，允許境外貨物、資金自由進出的區域。對進出該區域的全部或大部分貨物免征關稅，并且準許在區域內，開展貨物自由儲存、展覽、拆散、改裝、重新包裝、整理、加工和制造等業務活動。 
　　《上海國資》發現，要成為真正的“自由貿易區”，真正實現“境內關外”，上海綜合保稅區在開放程度、功能拓展、管理體制等方面還面臨不少制約。比如，目前綜合保稅區內，外匯結算仍存在一定局限性；監管政策也有諸多壁壘。 
　　真虹告訴《上海國資》，目前上海綜合保稅區實際還是“境內關內”，因為園區內還有海關監管等。而一旦真正實現“境內關外”，園區內不存在海關。 
　　業內人士表示，中國國家體制管理是條塊分割式管理，綜合保稅區涉及海關、稅務、檢驗檢疫等多個國家部門，上海是無法左右的，只能溝通協調。 
　　除了上述因素，更大的牽制可能在于無法完全港區聯動，各區功能不全。 
　　據《上海國資》了解，洋山深水港開發時，最先的設計為港區聯動。即前面是港口，后面是臨港區、重工業裝配區、物流區和臨港新城。但后來的行政機制設置把這個優勢搞沒了。 
　　一位不愿具名的人士告訴《上海國資》，國內張家港保稅區可說是港區聯動的典范。那里的保稅區是個大保稅區概念，海關等只是一小塊，更大的是開發區，就一個管委會，相當于完整的行政區，土地指標、勞動力安置等都由其負責。而臨洋山港區域，有三個管委會，即綜合保稅區管委會、臨港產業區管委會、臨港新城管委會，每個管委會的功能都不全。 
　　這位人士還表示，洋山港保稅區內的土地，只能作為工業用地，不能用于公共交通、餐飲、娛樂、教育、醫療等建設項目，而規劃了上述功能的臨港新城(滴水湖區域)，又離得很遠。“土地、行政資源沒有集聚，配套功能不全，區內企業勞動力缺乏等問題無法解決，也就無法真正區港一體化。” 
　　聯動發展 
　　除了上述方面的限制，上海綜合保稅區尚有管理上的“掣肘”。 
　　國內的多數開發園區，通常由管委會、開發企業和駐區政府職能部門共同服務于區內企業。管委會統一負責區內日常行政管理和執法監督、協調區內有關政策的落實，各駐區政府職能部門、開發主體在管委會的統一協調下為企業提供服務。 
　　通常，一個開發園區有一個管委會和一個開發主體。上海綜合保稅區管委會雖然整合了原有管委會資源，但開發企業并未完全整合。 
　　目前，上海綜合保稅區有四大開發主體，臨港集團、同盛集團、外高橋集團、浦東現代產業公司。外高橋保稅區和浦東機場綜合保稅區開發主體是外高橋集團和浦東現代產業公司，洋山保稅區的開發主體則為臨港集團和同盛集團兩家。 
　　各開發企業在資本、功能、口岸、業務、客戶等方面并未完全“合作無間”，反而存在或明或暗的競爭。 
　　據上述人士透露，目前洋山保稅區2/5土地由同盛開發，其余由臨港集團開發，但海關和國檢查驗口通道等核心部位都在同盛，基礎設施維護也屬同盛。由于這兩家開發企業分別提供物流、倉儲、商檢、海關等服務，競爭有時較白熱化。 
　　為解決各開發主體的“聯動發展問題”，上海決定組建聯合開發公司。2011年4月7日，在“綜保區2011年企業大會”上，臨港集團、同盛集團、外高橋集團、益流能源集團和浦東現代產業開發公司正式簽約，決定聯合組建上海綜合保稅區聯合發展有限公司，共同推進上海綜合保稅區的開發建設。經過大半年的籌備，當年12月23日，舉行了公司揭牌儀式。希望通過此舉形成合力，共同推進綜合保稅區的發展。