我國集裝箱海鐵聯運在技術標準、法制法規、信息化網絡建設、市場化體制等諸多方面還存在明顯的缺陷，這極大地阻礙了我國集裝箱海鐵聯運的發展。

　　目前，影響我國集裝箱海鐵聯運發展的因素主要包括運行體制、運輸組織、配套設施、服務市場網絡、價格體系、信息系統等6個方面——

　　運行體制存在明顯障礙。我國公路、水路由交通運輸部主管，鐵路由鐵道部主管，國際集裝箱運輸還涉及海關、檢驗檢疫等監管部門和金融機構，這些并行的政府主管部門在管理規定、管理方法、管理手段以及系統運行等方面的做法和特點都有明顯不同。

　　運輸組織缺乏有效協調。在運輸組織方面，我國路、港、船、貨等各環節自成一體，信息系統相互割裂，信息傳遞阻滯和重復手工操作現象嚴重，尤其是鐵路體系與集裝箱海運體系在運票、運價和違約補償等方面明顯不一致，單據、貨票和業務信息內容等尚未統一，集裝箱海鐵聯運運輸組織缺乏有效協調。

　　配套基礎設施建設嚴重滯后。集裝箱港口缺乏海鐵聯運樞紐或功能不完善，許多集裝箱港區沒有鐵路裝卸線，而在內陸地區缺乏按國際標準運作的集裝箱鐵路場站。

　　服務市場尚未完全建立。目前，絕大多數船公司和多式聯運經營人在內陸沒有代理機構，而內陸的很多公司又沒有國際貨運代理權限。由于缺乏合適的中介機構，多式聯運經營人很難報出“一口價”，也很難進行各方面的銜接。

　　價格體系不適應箱源格局和市場競爭。我國鐵路運價由國家發改委管理，鐵路集裝箱班列運價由鐵道部控制，鐵路運價調整方案需層層上報，不能及時根據市場情況進行變化，調整機制很不靈活。這一價格體系與我國集裝箱箱源格局和運輸市場格局不相適應。

　　信息服務系統有待完善。目前，中國鐵路部門已建立TMIS和DMIS兩大信息系統，基本可以在鐵路內部實現信息共享。但是這兩大信息系統，與港口還無法實現共享數據，存在大量的數據重復錄入的現象，客戶也無法通過自有終端設備及時跟蹤集裝箱箱體運行情況。

　　此外，據記者了解，船公司的積極性高低、鐵路貨運現狀(供需、班期、商務規則)等因素，也是制約我國集裝箱海鐵聯運快速發展的重要客觀因素。比如，海鐵聯運的主體是船公司，船公司積極性的高低決定了聯運規模的大小。一方面，內陸出口貨物往往是農產品或農副產品，同樣一個20英尺箱的重量可能是輕泡箱的4倍，如此船公司不得不考慮既要保證吃水適航，又要保證全部艙容的利用，如果不能同時兼顧這兩個因素，船公司就可能會拒絕此類貨物的訂艙。另一方面，由于內陸運輸條件差，集裝箱周轉時間長、成本高，相當一部分船公司對開展內陸聯運的積極性不高。