就江蘇而言，正規的內河航運企業已經所剩無幾，這些企業在人員就業、履行社會責任、交通戰備、防汛搶險、基礎建設和省市縣重點物資運輸等方面發揮了許多重要作用，承擔著較大的社會責任。然而。這些企業近年來在發展中面臨著許多困難：老企業歷史包袱重； 社會用工工資逐步抬高；運輸成本不斷增加；燃料油價格上漲幅度較大；內河水運市場魚龍混雜；部門罰款及收費名目繁多；加強發票管理與白紙據之間矛盾重重。對于這些企業，建議政府相關部門予以政策扶持。　　1、加強對運輸市場的管理，為現代物流業的發展提供保障。
　　為了確保安全生產，交通、公安、工商等部門必須強化督促檢查，在大力發展市場經濟、允許各種經濟形式并存的前提下，一定要建立準入制度，防止良莠不齊、魚龍混雜。政府主管部門應在全省范圍內對物流企業進行分級分類管理，根據企業規模、管理水平、信譽等級，建立目錄庫，定期公布、定期更新。
　　2、從規范內河運輸行業出發，稅務部門對規范的自開票納稅人給予政策扶持。
　　3、擴大實行燃油補貼的覆蓋面。
　　這幾年燃油價格暴漲，運輸企業不堪重負。國家對客運企業、農牧漁企業實施了部分燃油補貼政策，現在應將優惠面覆蓋至一定規模的運輸物流企業，以達到扶持發展的目的。
　　4、公安、交通（海事）、工商等相關監管部門應當加大執法力度，共同規范運輸市場，給企業一個公平競爭的環境，維護正規運輸企業的合法權益，保護國家和人民生命財產安全。
　　5、上級國稅、地稅部門應當積極主動地加強與海事部門的溝通和協調，在辦理船舶入籍手續時，應當與機動車上牌照要求一樣，必須提供產品檢測合格證和正規的銷售發票。只有這樣才能減輕基層稅務人員的工作量，真正徹底堵塞造船行業偷逃稅的漏洞。
　　6、稅務部門執行政策要一視同仁，稅務稽查不要“抓大放小”。對企業存在的問題應當幫助輔導在先、督查整改在后。對當前企業中普遍存在的一些共性問題，一時間難以解決的，應當逐步完善，輕言處罰。
　　7、繼續治理“三亂”，凈化市場環境。
　　多年前，在紀委牽頭下，全國范圍內“三亂”治理特別是公路、河道取得了明顯成效，但是這幾年又有所反彈，理由和形式皆是花樣翻新，甚至個別地方設卡收稅，企業負擔過重，希望引起有關方面重視。
　　8、推進產業升級換代，加快兼并重組、做大做強現代物流企業。
　　鼓勵現有運輸、倉儲、貨代、聯運、快遞企業的功能整合和服務延伸，鼓勵物流企業通過參股、控股、兼并、聯合、合資、合作等多種形式進行資產重組，培育一批服務水平高、競爭力強的大型現代物流企業。采用現代物流管理理念、方法和技術，加大對物流企業兼并重組的政策支持力度，使傳統運輸、倉儲、貨代企業實行功能整合和服務延伸，加快向現代物流企業轉型，形成多種所有制、多種服務模式、多層次的物流企業群體。
　　9、盡快在江蘇乃至全國推廣上海營業稅改增值稅試點經驗，避免重復征稅，降低企業稅負，有利于企業在長三角地區公平競爭。