新疆有蘭州至烏魯木齊第二雙線快速鐵路、吐魯番至庫爾勒至阿克蘇鐵路、庫車至俄霍布拉克鐵路、哈密至羅布泊鐵路、蘭新線西段電氣化改造、阿克蘇至喀什鐵路、哈密至額濟納鐵路、庫爾勒至格爾木、北屯至富蘊至準東、哈密至將軍廟鐵路、中吉烏鐵路喀什至吐爾尕特段、烏魯木齊集裝箱中心站、新和至拜城鐵路等13條鐵路項目納入《鐵路“十二五”發展規劃》中。
此外，《鐵路“十二五”發展規劃》圍繞新疆境內準東、吐哈、伊犁、庫拜等4大煤炭能源基地進行鐵路運煤通道規劃，將既有蘭新線、烏魯木齊至小黃山至五彩灣至將軍廟鐵路、將軍廟至哈密、哈密至額濟納鐵路，精河至伊寧至霍爾果斯鐵路、吐魯番至庫爾勒至阿克蘇鐵路、庫車至俄霍布拉克鐵路、新和至拜城鐵路等8條鐵路項目也納入其中。
“十二五”期間，新疆鐵路建設投資規模將達1200億元人民幣至1500億元人民幣，預計到2015年，新疆鐵路營運里程可翻番，達到8200公里。目前，新疆鐵路營運里程已突破4000公里。未來新疆鐵路建設主攻方向為：加快新疆連通內地、新疆與周邊國家以及新疆區內共三個方面的大通道建設。